在起诉离婚案件中，关于两个孩子抚养权的判决，法院会严格遵循《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，以“最有利于子女身心健康，保障子女的合法权益”为核心原则，进行全面而细致的考量。以下是对这一问题的详细解答：
一、判决的核心原则
法院在判决抚养权时，首要考虑的是孩子的最佳利益，确保他们能在一个稳定、健康、充满爱的环境中成长。这一原则贯穿于整个判决过程，是法院作出所有决定的基石。
二、年龄分段的具体考量
不满两周岁的子女：
- 原则上，这个阶段的孩子由母亲直接抚养，因为他们更依赖母亲的照顾和哺育。
- 但如果母亲存在严重疾病、不尽抚养义务或其他不利于孩子生活的情形，父亲请求直接抚养的，法院会予以支持，以确保孩子得到妥善的照顾。
已满两周岁的子女：
- 若父母双方对抚养问题协议不成，法院将根据双方的具体情况，如经济状况、工作稳定性、居住条件、教育背景等，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。
- 法院还会考虑孩子的生活习惯、父母的抚养意愿以及父母与孩子的感情联系等因素，以确保判决结果符合孩子的实际需求。
- 如果双方抚养条件基本相当，且孩子长期与祖父母或外祖父母共同生活，祖父母或外祖父母要求并有能力帮助照顾的，这也可作为优先条件考虑。
已满八周岁的子女：
- 对于这个年龄段的孩子，法院会特别尊重他们的真实意愿。通过适当方式征求孩子的意见，并在判决中予以充分考虑，以确保孩子的选择得到尊重。
三、综合考量的其他因素
- 父母的抚养能力和条件：法院会全面评估双方的经济状况、生活环境、教育能力等，以确定哪一方能提供更优越的成长环境。
- 孩子的意愿：虽然孩子的意愿不是决定性因素，但对于具备表达能力的孩子，其意愿将作为重要参考。
- 父母与孩子的关系：法院会考察父母与孩子之间的亲密程度、日常照顾情况等，以判断哪一方与孩子有更紧密的感情联系。
- 特殊情况：如父母一方存在虐待、遗弃或其他严重损害孩子身心健康的行为，法院将严肃考虑并可能作出不利于该方的判决。
四、可能的判决结果
- 一方抚养两个孩子：如果一方具备足够的抚养能力和条件，且能够为孩子提供稳定、健康的生活环境，法院可能会判决这一方抚养两个孩子。
- 分别抚养一个孩子：为确保每个孩子都能得到充分的关爱和照顾，法院也可能判决父母双方分别抚养一个孩子。这种情况下，法院会尽量考虑孩子的意愿和实际情况，以做出最妥善的安排。
- 共同抚养：在特定条件下，如父母双方关系融洽且都愿意参与孩子的抚养，法院也可能会判决父母共同抚养孩子。但这种情况相对较少见，需要双方具备高度的合作和协调能力。
五、建议与总结
在处理离婚案件中的抚养权问题时，建议双方尽可能寻求和平解决方式，通过协商或调解来达成一致意见。这不仅可以减少对孩子的伤害和影响，还能为孩子创造一个更加和谐、稳定的成长环境。如果协商不成，再寻求法院的判决。同时，无论判决结果如何，离婚后父母仍对孩子负有抚养、教育和保护的责任和义务。因此，双方应共同努力，为孩子的健康成长创造有利条件。