针对您提出的“特殊病种非直结需参保地报销而就医地扣了个人账户里钱是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
首先，我们需要明确的是，医保个人账户中的钱是属于参保人个人的，这部分资金可以用于支付参保人本人的医疗费用，也可以实现家庭共济，甚至在特定情况下可以继承。这是医保政策的基本原则之一。
接下来，针对您提到的特殊病种非直结的情况，这通常意味着该病种在就医地无法直接进行医保结算，需要参保人先自行支付医疗费用，然后回到参保地进行报销。在这个过程中，就医地医疗机构扣除您个人账户里的钱，可能是基于以下几种情况：
医疗费用支付顺序：在就医过程中，医疗机构可能会根据医保政策的规定，先扣除个人账户中的资金用于支付部分医疗费用。这通常是按照医保政策设定的支付顺序来进行的，即先个人账户，再统筹基金。
就医地政策执行：不同地区的医保政策执行可能存在细微差异。就医地医疗机构在扣除个人账户资金时，可能是按照当地的具体政策规定来操作的。但这并不意味着这种扣除就是不合法的，只要它符合当地医保政策的规定。
信息沟通不畅：有时候，由于参保人与医疗机构之间的信息沟通不畅，也可能导致误解或误操作。例如，参保人可能没有明确告知医疗机构自己希望使用哪种支付方式，或者医疗机构在操作过程中出现了疏忽。
那么，这种扣除是否合法呢？
从法律层面来看，只要就医地医疗机构的扣除行为符合当地医保政策的规定，且没有违反相关法律法规，那么这种扣除就是合法的。医保政策是由政府制定的，旨在保障参保人的医疗权益，同时规范医疗机构的收费行为。
从实际操作层面来看，如果您对就医地医疗机构的扣除行为有疑问或不满，您可以采取以下措施：
与医疗机构沟通：首先，您可以与就医地的医疗机构进行沟通，了解他们扣除个人账户资金的具体原因和依据。
咨询参保地医保部门：其次，您可以咨询参保地的医保部门，了解当地医保政策的具体规定和操作流程。他们可以提供更权威、更具体的解答。
申请复查或申诉：如果您认为医疗机构的扣除行为存在不当之处，您可以向参保地的医保部门申请复查或申诉。他们会根据您的申请和提供的证据进行调查和处理。
综上所述，特殊病种非直结需参保地报销而就医地扣了个人账户里钱，只要符合当地医保政策的规定和操作流程，就是合法的。如果您对此有疑问或不满，建议与医疗机构和参保地医保部门进行沟通咨询。