申请实质合并破产并清算通常会对股价产生显著的负面影响。以下从不同角度对此进行详细分析：

一、市场反应角度

1. 投资者信心下降：当公司申请实质合并破产并清算时，这通常意味着公司的财务状况已经极度恶化，无法继续经营或偿还债务。这种消息会严重打击投资者的信心，导致他们纷纷抛售股票，从而引发股价下跌。
2. 市场恐慌情绪：破产清算的消息往往伴随着市场恐慌情绪的蔓延。投资者担心公司破产会导致其投资损失惨重，因此会急于出售股票以规避风险，进一步加剧股价的下跌。

二、法律程序角度

1. 资产处置不确定性：在实质合并破产并清算过程中，公司的资产将被处置以偿还债务。然而，资产处置的过程往往充满不确定性，包括处置时间、处置价格等。这种不确定性会导致投资者对公司未来价值的评估产生分歧，进而影响股价的稳定。
2. 债权人优先受偿：根据破产法的规定，债权人在破产清算中享有优先受偿的权利。这意味着在资产处置后，首先需要偿还债权人的债务，剩余部分才能分配给股东。因此，即使公司资产能够全部处置完毕，股东也可能面临无法获得任何分配或分配极少的情况，这同样会对股价产生负面影响。

三、公司运营角度

1. 业务中断：申请实质合并破产并清算通常意味着公司的业务将中断或大幅缩减。业务中断会导致公司收入减少、成本增加，进而加剧财务困境。这种财务困境的恶化会进一步削弱投资者对公司的信心，导致股价下跌。
2. 品牌形象受损：破产清算还会对公司的品牌形象造成严重损害。品牌形象是公司的重要资产之一，它影响着消费者对公司的认知和信任度。一旦公司品牌形象受损，消费者可能会转向其他竞争对手的产品或服务，导致公司市场份额下降、收入减少，进而对股价产生负面影响。

四、实际操作中的案例参考

在实际操作中，许多公司申请实质合并破产并清算后，股价都出现了大幅下跌的情况。例如，某些上市公司在宣布破产清算后，股价连续多个交易日跌停，市值大幅缩水。这些案例都充分说明了申请实质合并破产并清算对股价的负面影响。

建议：对于投资者而言，在面对公司申请实质合并破产并清算的情况时，应保持冷静、理性分析，避免盲目跟风抛售股票。同时，也可以关注公司的破产清算进展和资产处置情况，以便及时调整投资策略。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。