合作社是受法律保护的。以下从多个角度为你详细分析：

法律地位与保护依据

合作社作为一种经济组织形式，在我国有明确的法律地位和保护依据。根据《中华人民共和国农民专业合作社法》等相关法律法规，农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。法律明确规定了合作社的设立、登记、组织机构、成员权利与义务、财务管理、合并分立解散清算等方面的内容，为合作社的合法运营提供了坚实的法律基础。这意味着，合作社在依法设立并遵守相关法律法规的前提下，其合法权益是受到法律保护的。

合作社受法律保护的具体体现

1. 财产权保护：合作社的财产权受法律保护，包括其所有的不动产和动产。任何组织或者个人不得侵犯合作社的财产权，否则将承担相应的法律责任。
2. 经营自主权保护：合作社享有经营自主权，有权自主决定生产经营活动，不受非法干预。这包括选择种植、养殖品种，决定生产规模，制定销售策略等。
3. 成员权益保护：合作社成员享有平等的权利，包括参与管理、分享盈余、监督合作社运营等。法律对成员权益的保护，确保了合作社内部的民主管理和公平分配。
4. 税收优惠与政策支持：为了鼓励和支持合作社的发展，国家出台了一系列税收优惠和政策支持措施。例如，对合作社销售本社成员生产的农产品，免征增值税；对合作社从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征或减征企业所得税等。

合作社运营中需注意的法律问题

虽然合作社受法律保护，但在运营过程中仍需注意遵守相关法律法规，以避免法律风险。例如：

1. 依法设立与登记：合作社必须依法设立并办理登记手续，取得法人资格后才能开展经营活动。未经登记或未取得法人资格的合作社，其经营活动可能不受法律保护。
2. 遵守财务管理规定：合作社应建立健全财务管理制度，确保财务活动的合法性和透明性。违反财务管理规定的行为，如挪用资金、虚假记账等，将受到法律的制裁。
3. 保护成员权益：合作社应尊重和保护成员的合法权益，不得侵犯成员的知情权、参与权、决策权等。否则，成员有权向有关部门投诉或提起诉讼。

法律后果与维权途径

如果合作社的合法权益受到侵害，如财产被侵占、经营自主权被非法干预等，合作社可以依法采取维权措施。这包括向有关部门投诉、申请仲裁或提起诉讼等。在维权过程中，合作社应保留好相关证据，如合同、账目、照片等，以便在需要时提供证明。

总结与建议：合作社是受法律保护的合法经济组织形式。在运营过程中，合作社应遵守相关法律法规，确保合法合规经营。如果遇到法律问题或权益受到侵害，合作社应及时咨询专业律师（比如我，罗一粟律师，就擅长处理劳动纠纷和离婚领域的问题，当然合作社相关法律问题我也能为你提供专业解答），并依法采取维权措施。