是的，《中华人民共和国农民专业合作社法》明确保护农民专业合作社的合法权益。以下是具体分析：

1. 法律地位与权益保障
   根据《农民专业合作社法》第四条，农民专业合作社依法登记后取得法人资格，享有独立的民事权利能力和行为能力。这意味着合作社作为市场主体，其财产权、经营自主权、成员权益等受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。例如，合作社的财产独立于成员个人财产，成员退社时仅能退还其出资和公积金份额，不得抽回合作社资产。

2. 政策支持与优惠
   法律第六条规定，国家通过财政支持、税收优惠和金融、科技、人才的扶持等措施，促进农民专业合作社的发展。例如：

   • 税收优惠：合作社销售本社成员生产的农产品免征增值税（第九条）；
   • 财政扶持：中央和地方财政安排专项资金支持合作社开展信息、培训、农产品质量标准与认证等服务（第六十八条）；
   • 金融支持：政策性金融机构需为合作社提供低息贷款，商业银行应简化审批流程（第七十一条）。

3. 成员权益保护
   法律对成员的加入、退出、表决权、盈余分配等作出详细规定：

   • 民主管理：成员大会选举和表决实行一人一票制，出资额或交易量较大的成员可享有附加表决权，但不得超过基本表决权总票数的20%（第二十二条）；
   • 盈余分配：合作社扣除成本后，可按成员与合作社的交易量（额）比例返还，返还总额不低于可分配盈余的60%（第三十七条）；
   • 退社自由：成员可依法自愿退出，合作社需在财务年度结束的三个月内退还其财产份额（第二十五条）。

4. 法律责任与纠纷解决
   若合作社或成员权益受损，法律提供了救济途径：

   • 行政保护：农业农村主管部门对合作社进行指导和服务，依法查处违法行为（第五十二条）；
   • 司法救济：成员与合作社、合作社与他人之间发生纠纷时，可向人民法院提起诉讼（第五十三条）；
   • 破产保护：合作社因资不抵债进入破产程序时，成员以其出资额为限承担责任（第五条）。

总结：该法通过明确法律地位、提供政策支持、保障成员权益和建立纠纷解决机制，全方位保护农民专业合作社的合法权益。若您在合作社运营中遇到具体问题（如章程制定、盈余分配纠纷、政策申请等），可直接向我咨询，我将结合法律条文和实务经验为您详细解答。