国土资源局（现自然资源主管部门）对不符合种植条件的耕地，主要依据《土地管理法》《基本农田保护条例》等法律法规，采取分类处置措施，核心原则是“恢复耕种条件或依法调整用途”。具体处理方式需结合耕地破坏程度、是否可恢复及土地规划用途综合判断，以下分情况说明：

1. 若耕地因临时占用或轻度破坏（如短期堆放杂物、硬化地面可拆除）

• 处理方式：责令限期整改，恢复耕种条件。
  根据《土地管理法》第75条，占用耕地建窑、建坟或擅自在耕地上建房、挖砂、采石等破坏种植条件的，由县级以上自然资源部门责令限期改正或治理，恢复原种植条件；逾期不改正的，可处耕地开垦费2-5倍罚款。
  例如：某企业临时占用耕地堆放建材，硬化地面未破坏土层，自然资源部门会要求其清除杂物、翻耕土壤，确保符合种植标准。

2. 若耕地因污染或重度破坏（如土层严重流失、化学污染）

• 处理方式：分两步处理：
  
  • 第一步：治理修复：要求责任人（如污染企业）承担治理费用，通过换土、去污等技术恢复耕种条件；若责任人无法确定或无力治理，由县级政府组织代为治理，费用纳入财政预算（参考《土壤污染防治法》第59条）。
    
  • 第二步：调整用途或补划：若治理后仍无法达到种植标准，需依法调整土地用途（如转为建设用地需办理农转用审批），并在县域内补划同等数量质量的耕地，确保耕地总量动态平衡（依据《土地管理法》第30条）。

3. 若耕地被非法占用为建设用地（如违规建房、工厂）

• 处理方式：
  
  • 拆除复垦：对未办理农转用审批的非法建设，责令拆除建筑物、恢复耕种条件，并处罚款（参考《土地管理法》第77条）。
    
  • 补办手续（极特殊情况）：若符合土地利用总体规划，可依法处罚后补办农转用手续；若不符合规划，必须拆除复垦。
    例如：村民私自占用耕地建房，自然资源部门会要求限期拆除，逾期不拆的可申请法院强制执行。

4. 若耕地因自然因素（如沙漠化、盐碱化）丧失种植条件

• 处理方式：
  
  • 纳入土地整治项目：通过政府投资或社会资本参与，实施土地平整、灌溉排水等工程，改善土壤条件（参考《土地管理法》第43条）。
    
  • 调整为其他农用地：若整治后仍无法种植粮食作物，可依法调整为林地、草地等，但需确保耕地数量不减少、质量不降低。

关键提醒：

• 责任主体：破坏耕地的责任人（如企业、个人）需承担治理或赔偿费用；若责任人灭失，由政府兜底处理。
  
• 公众监督：任何单位或个人发现破坏耕地行为，可向自然资源部门举报（电话12336），部门需依法查处并反馈结果。
  

若您涉及具体案件（如耕地被占用、污染治理纠纷），可进一步说明情况，我将结合细节提供针对性法律建议。