结论：公司查酒店入住记录是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。一般来说，未经员工同意，公司私自查询其酒店入住记录可能涉嫌侵犯隐私权，属于违法行为；但在特定情况下，如公司有合法依据且采取合法手段查询，可能不构成违法。
分析说明：
隐私权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。酒店入住记录属于个人隐私范畴，受到法律保护。
- 如果公司未经员工同意，私自通过非法手段（如黑客攻击、贿赂酒店工作人员等）获取员工的酒店入住记录，这明显侵犯了员工的隐私权，属于违法行为。
合法查询的情形：
- 在某些特定情况下，公司可能有合法依据查询员工的酒店入住记录。例如，员工因公出差，公司需要核实其住宿费用是否合理；或者员工涉嫌违反公司规章制度，公司需要调查其行踪等。
- 然而，即使在这些情况下，公司也必须采取合法手段进行查询。比如，可以通过与酒店协商、要求员工提供住宿发票等方式来核实相关信息，而不是私自查询。
公司规章制度与劳动合同：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了公司有权查询员工的酒店入住记录，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司在特定情况下可能有权进行查询。
- 但即便如此，公司也必须确保查询行为的合法性和合理性，避免侵犯员工的隐私权。例如，查询行为应当限于必要的范围，且应当告知员工并获得其同意（除非法律另有规定或情况紧急无法事先告知）。
法律后果与建议：
- 如果公司未经员工同意私自查询其酒店入住记录，员工有权要求公司停止侵害、赔礼道歉，并可能要求赔偿损失。
- 对于公司而言，应当尊重员工的隐私权，避免采取非法手段查询员工的个人信息。如果需要查询相关信息，应当通过合法途径进行，并确保查询行为的合法性和合理性。
- 如果员工发现公司存在非法查询其酒店入住记录的行为，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
特殊场景：
- 在涉及刑事案件调查等特殊情况下，公安机关等执法部门有权依法查询相关人员的酒店入住记录。但这种情况并不适用于公司对员工的一般性查询。
行动建议：
- 作为公司，应当建立健全的规章制度，明确查询员工个人信息的条件和程序，确保查询行为的合法性和合理性。
- 作为员工，如果发现公司存在非法查询其个人信息的行为，应当及时与公司沟通或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
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