工程变更单通常是由建设单位发给总包单位的，但在某些涉及设计变更的特定情况下，设计单位也可能参与其中，不过最终变更指令的发出一般还是以建设单位为准。以下是对这一问题的详细分析：

一、工程变更单的一般流程

在建设工程中，工程变更单是用于记录工程变更事项、明确变更内容、责任方及变更后处理方式的重要文件。一般来说，工程变更的发起可能源于多个方面，如设计优化、现场条件变化、建设单位需求调整等。在这些情况下，建设单位作为工程的发起人和投资人，通常拥有对工程变更的最终决策权。因此，当建设单位决定对工程进行变更时，会向总包单位发出工程变更单，明确变更的具体内容和要求。

二、设计单位在工程变更中的角色

虽然工程变更单一般由建设单位发出，但设计单位在工程变更过程中也扮演着重要角色。特别是当变更涉及设计内容的调整时，设计单位需要参与变更的讨论和确认，确保变更后的设计符合相关规范和要求。然而，设计单位通常不会直接向总包单位发出工程变更单，而是会将设计变更的意见或建议提供给建设单位，由建设单位综合各方意见后，再向总包单位发出正式的工程变更单。

三、特殊情况下的工程变更单发出

在某些特殊情况下，如设计单位直接发现设计错误或需要紧急调整设计时，设计单位可能会先与建设单位沟通，并在得到建设单位同意后，以书面形式向总包单位发出临时变更通知。但这种情况下，设计单位发出的通知通常只是临时性的，最终还需要建设单位发出正式的工程变更单来确认变更事项。

四、法律建议

1. 明确变更流程：在建设工程合同中，应明确工程变更的流程、责任方及变更后的处理方式，以避免因变更事项产生的纠纷。
2. 保留变更证据：无论是建设单位还是总包单位，在收到或发出工程变更单时，都应妥善保留相关证据，如变更单、会议纪要、邮件往来等，以备不时之需。
3. 及时沟通协商：在工程变更过程中，各方应及时沟通协商，确保变更事项得到妥善处理，避免因沟通不畅导致的工程延误或成本增加。

如果您在建设工程领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。