公司通过微信发工资的合法性需根据具体情况判断。在双方协商一致、符合法律法规，并能确保工资支付记录的准确性和可追溯性的前提下，微信发工资是合法的。然而，若违反相关规定或存在税务风险等问题，则可能被认定为不合法。以下从多个角度为你详细分析：
合法的情况
双方协商一致：如果公司与员工经过充分沟通，共同同意采用微信作为工资发放方式，并且在实际操作中能够确保工资的准确、及时发放，这种基于双方自愿和协商一致的支付方式，在法律上是被认可的。例如，一些小型企业或个体工商户，由于员工数量较少，且员工对微信支付接受度较高，双方协商一致后采用微信发工资，这是完全可行的。
符合支付规定：虽然《工资支付暂行规定》要求用人单位以货币形式按月支付给劳动者本人，但并未明确排除微信等电子支付方式。因此，只要微信转账满足货币支付的本质要求，即能够即时、足额地将工资支付给劳动者，且不违反其他相关法律法规，即可视为合法支付方式。
临时应急处理：在特殊情况下，如公司财务系统故障或银行转账受阻时，为确保员工按时收到工资，经与员工沟通并说明情况后，采用微信方式应急发放工资，这种做法通常也是被允许的。但需要注意的是，这种情况应是暂时的、应急的，不能作为常规的工资发放方式。
需要注意的问题与风险
举证困难：若双方未明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议，劳动者可能面临举证困难。因为微信转账记录虽然可以作为证据，但在没有其他辅助证据的情况下，其证明力可能较弱。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，如“工资通过微信转账方式支付至员工指定账户”等。
记录有效性：微信转账记录易于删除或篡改，可能影响其作为法律证据的有效性。为了保障自身权益，劳动者应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。同时，公司也应建立完善的工资发放记录制度，确保工资发放的准确性和可追溯性。
系统故障风险：微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。公司应建立应急预案，如提前与员工沟通可能出现的支付问题、准备备用支付方式等，确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。
税务风险：通过微信发放工资可能不利于税务监管。公司需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。例如，如果公司未将微信发放的工资纳入税务申报范围，就可能被税务机关认定为偷税漏税行为。
行业或地区规定：部分特殊行业或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对于工资发放的具体规定也可能有所差异，公司应遵守当地的相关规定进行工资发放。例如，某些地区可能要求工资必须通过银行转账方式发放，以确保资金的安全和可追溯性。
合法合规性建议
明确合同约定：在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款，以确保双方权益得到保障。这不仅可以避免后续争议的发生，还可以为双方提供明确的法律依据。
选择对公账户：为确保税收及社保的合理处理，公司应优先选择通过对公账户发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。例如，公司可以开设专门的微信支付账户，用于工资发放，并定期与银行对账，确保资金的安全和准确。
加强员工培训：提高员工对工资发放方式的认识和风险意识，引导其正确使用微信等第三方支付平台，并妥善保管个人信息和账户安全。这可以减少因员工操作不当或账户安全问题导致的工资发放纠纷。
关注政策变化：随着金融监管的加强和税收政策的调整，使用非正规渠道发放工资可能面临更多的合规风险。公司应密切关注相关政策变化，及时调整工资发放方式，确保符合法律法规的要求。
如果你在工资发放方面遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。