河道水下淹没区域是否需要计算水土保持补偿费，需分情况讨论，核心判断依据是该区域是否属于人为活动造成的水土流失防治范围。具体分析如下：

1. 若河道水下淹没区域因生产建设项目（如修路、建厂、采矿等）导致原有地貌被破坏，且项目方需承担水土流失防治责任
   根据《中华人民共和国水土保持法》及《水土保持补偿费征收使用管理办法》，生产建设单位需对因开发建设活动造成的水土流失负责防治，并缴纳水土保持补偿费。此时，即使淹没区域位于水下，只要属于项目扰动范围（如河道疏浚、码头建设等），仍需计算补偿费。
   关键点：补偿费计算以“扰动面积”为核心，与是否淹没无关，需按项目实际占用的土地面积（含水下部分）乘以当地补偿费标准执行。

2. 若河道水下淹没区域属于自然状态（如河流正常冲刷、季节性淹没等），未因人为活动产生新增水土流失
   根据现行规定，自然状态下的河道淹没区域无需缴纳水土保持补偿费。补偿费的征收对象是“人为活动导致的水土流失防治责任”，若未涉及开发建设、采矿等行为，则不适用。
   例外情形：若河道治理工程（如防洪堤建设、河道整治）本身属于生产建设项目，则其淹没区域可能需纳入补偿范围，需结合具体项目性质判断。

3. 地方性法规的特殊规定需重点关注
   部分省份（如广东、浙江）在《水土保持补偿费征收使用管理办法》实施细则中，可能对河道淹没区域的补偿费计算作出细化规定。例如，明确“河道管理范围内因生产建设项目占用的面积需计费”，或“仅对露出水面的部分计费”。
   建议：需结合项目所在地省级水行政主管部门的具体文件，确认是否存在地方性调整。

总结建议：

• 若涉及生产建设项目，优先核查项目环评报告、水土保持方案中是否将水下淹没区域列为扰动范围；
  
• 若项目位于地方性法规有特殊规定的区域，需以当地政策为准；
  
• 如有争议，可向当地水行政主管部门申请行政确认，或通过法律程序明确责任边界。
  

如需进一步分析具体项目情况，可直接向我提供项目类型、所在省份等关键信息，我将结合法规与实务经验为您详细解答。