合作社注销时，若股东已去世，需先完成去世股东的股权继承或处置程序，再依法办理合作社注销手续。具体操作如下：

1. 确定去世股东的股权继承人
   根据《民法典》继承编，去世股东的股权属于其遗产范围，应由其法定继承人（配偶、子女、父母）或遗嘱继承人继承。若继承人之间对股权分配无争议，可共同签署继承文件；若有争议，需通过法院诉讼或调解确认继承份额。

2. 办理股权变更登记
   继承人需持死亡证明、继承公证书（或法院判决书）、身份证明等材料，到合作社登记机关办理股权变更登记，将去世股东名下的股权过户至继承人名下。若合作社章程对股权继承有特殊规定（如限制继承或需其他股东同意），需按章程执行。

3. 合作社注销的法定程序
   在股权继承完成后，合作社可按《农民专业合作社法》规定启动注销程序：

   • 成立清算组，清理债权债务；
     
   • 通知债权人并公告；
     
   • 编制清算报告并经成员大会确认；
     
   • 向登记机关申请注销登记。
     若去世股东的股权未完成继承，清算组可能无法确认合作社的最终财产分配方案，导致注销程序受阻。

4. 特殊情形处理

   • 无继承人或继承人放弃继承：去世股东的股权可能归合作社其他成员或按章程处理，需通过成员大会决议并修改章程；
     
   • 合作社章程禁止股权继承：需按章程规定处置股权（如回购、转让），再办理注销；
     
   • 继承人拒绝配合：其他股东可起诉要求继承人履行配合义务，或通过调解、仲裁解决争议。

建议：合作社应尽早与去世股东的继承人沟通，协助办理继承手续；若继承人下落不明或拒绝配合，可咨询律师通过法律途径解决，避免因程序瑕疵导致注销无效或承担法律责任。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。