结论：父子二人亲子鉴定样本搞反了，确实会对鉴定结果产生影响，可能导致错误的鉴定结论。
详细分析：
亲子鉴定的基本原理：
亲子鉴定是通过比较被鉴定人与已知亲属（如父母）之间的遗传物质（如DNA）的相似性，来确定他们之间是否存在亲缘关系。在父子亲子鉴定中，通常会比较父亲和儿子的DNA样本，以判断他们是否为生物学上的父子关系。
样本搞反的影响：
如果父子二人的亲子鉴定样本被搞反，即实际上比较的是儿子的DNA与另一个非生物学父亲的DNA（可能是误取的其他样本或实验室操作失误），那么鉴定结果将无法准确反映真实的父子关系。这种情况下，鉴定结论很可能是错误的，可能得出非父子关系的结论，即使实际上他们是生物学上的父子。
可能的法律后果：
- 家庭关系确认：在涉及家庭关系确认（如继承权、抚养权等）的法律纠纷中，错误的亲子鉴定结果可能导致不公正的判决，影响当事人的合法权益。
- 法律责任：如果实验室或鉴定机构因操作失误导致样本搞反，他们可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失、重新进行鉴定等。
- 应对措施：
- 及时沟通：如果发现亲子鉴定样本可能被搞反，应立即与鉴定机构沟通，要求重新进行鉴定。
- 保留证据：保留所有与亲子鉴定相关的文件、记录和样本，以便在需要时提供证据。
- 寻求法律帮助：如果错误的鉴定结果已经对您的权益造成了影响，建议寻求专业律师的帮助，了解您的法律选项和可能的救济途径。
建议：
- 在进行亲子鉴定时，务必选择正规、有资质的鉴定机构，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
- 在鉴定过程中，保持与鉴定机构的沟通，及时了解鉴定进展和结果。
- 如果对鉴定结果有疑问或不满，及时提出并寻求解决方案，必要时可以寻求法律帮助。
如有任何关于亲子鉴定或婚姻家庭法律方面的疑问，欢迎直接向我咨询。