亲子鉴定中父亲与儿子标本互换了会影响检查结果。因为亲子鉴定是通过比对分析两者的遗传物质（如DNA）来确定是否存在亲子关系的。如果标本互换了，那么实际进行比对的就是错误个体的遗传物质，这自然会导致鉴定结果的不准确。

具体来说：

1. 鉴定原理：亲子鉴定的基本原理是利用遗传学原理，通过比对分析被鉴定人的遗传物质（通常是DNA），来确定他们之间是否存在亲子关系。这种比对需要确保被鉴定人的标本是准确无误的。

2. 标本互换的影响：如果在进行亲子鉴定时，父亲与儿子的标本被互换了，那么实际进行比对的就是儿子的遗传物质与另一个个体的遗传物质（原本应该是父亲的），或者父亲的遗传物质与另一个个体的遗传物质（原本应该是儿子的）。这样的比对结果显然无法反映真实的亲子关系。

3. 鉴定结果的准确性：标本互换会直接导致鉴定结果的准确性受到严重影响。原本应该得出的亲子关系结论会因为标本的错误而完全颠倒或变得毫无意义。

因此，在进行亲子鉴定时，必须确保标本的准确无误，以避免因标本互换等人为因素导致的鉴定结果不准确。如果怀疑鉴定结果有误，或者对鉴定过程有任何疑问，建议及时向鉴定机构提出，并寻求专业的法律帮助。