非法占用农用地间接故意可以构成犯罪，但关键在于行为人是否明知自己的行为违反土地管理法规并有意为之，间接故意也属于故意的一种表现形式。以下是对此问题的详细分析：
一、法律定义与构成要件
根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。此罪行在刑法中被明确界定为故意犯罪，包括直接故意和间接故意。
二、间接故意的认定
明知故犯：
- 间接故意犯罪中，行为人虽然不希望危害结果发生，但明知自己的行为可能发生危害社会的结果，并且放任这种结果的发生。
- 在非法占用农用地的情况下，如果行为人明知自己的行为违反土地管理法规，且可能造成农用地大量毁坏，但仍然放任这种结果的发生，即构成间接故意犯罪。
行为表现：
- 行为人可能并未直接追求改变土地用途或毁坏农用地的结果，但对其行为可能导致的后果持放任态度。
- 例如，某人为了短期利益，未经合法审批占用农用地进行非农业建设，虽然不希望土地被毁坏，但对可能造成的后果持无所谓态度，即属于间接故意。
三、法律后果与处罚
- 对于构成非法占用农用地罪的，无论直接故意还是间接故意，都将面临法律的严厉制裁。
- 根据刑法规定，非法占用农用地罪可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
- 处罚的轻重将根据非法占用的土地面积、毁坏程度以及行为人的主观恶性等因素综合考虑。
四、实际案例与启示
- 案例：某企业未经合法审批，擅自占用了较大面积的农用地进行非农业建设，导致土地种植条件严重破坏。虽然企业负责人声称并未希望土地被毁坏，但因其明知行为违法且放任结果发生，最终被认定为间接故意犯罪，受到了法律的制裁。
- 启示：非法占用农用地不仅违反了国家法律法规，还可能对生态环境造成不可逆的损害。因此，无论是个人还是企业，都应严格遵守土地管理法规，确保土地使用的合法性和合规性。
五、建议与措施
- 加强法律意识：提高个人和企业的法律意识，明确非法占用农用地的法律后果和处罚措施。
- 合规用地：在进行土地开发或利用前，务必咨询专业律师或相关机构，确保项目符合土地利用规划和法律法规要求。
- 及时整改：如已存在非法占用农用地的行为，应及时停止违法行为并采取措施进行整改，以减轻法律后果。
综上所述，非法占用农用地间接故意可以构成犯罪。作为专业律师，我建议你严格遵守土地管理法规，确保土地使用的合法性和合规性。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。