您可以通过以下途径尝试取回被不动产登记部门收走的公证书：
核实收走公证书的合法性及依据
首先，您需要明确不动产登记部门收走公证书的具体原因和法律依据。根据《公证法》第三十六条，经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。不动产登记部门通常不会无故收走公证书，可能是基于以下原因：
- 公证书内容存在瑕疵或错误，需要进一步核实；
- 公证书涉及的不动产交易存在争议或纠纷，需暂缓登记；
- 不动产登记部门认为公证书与登记材料不符，需补充说明。
建议您先联系不动产登记部门，要求其出具书面说明，明确收走公证书的具体原因和依据。
与不动产登记部门协商取回公证书
如果不动产登记部门收走公证书的行为缺乏合法依据，或您认为其理由不充分，您可以与其协商取回公证书。协商时，您可以：
- 提供相关证据，证明公证书的真实性和合法性；
- 要求不动产登记部门出具书面文件，说明收走公证书的具体原因和期限；
- 如果公证书是办理不动产登记的必要材料，您可以要求不动产登记部门在核实后及时返还，以免影响您的合法权益。
通过法律途径维护权益
如果协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。具体方式包括：
- 行政复议：如果您认为不动产登记部门的行为违法或不当，可以向其上级主管部门申请行政复议，要求撤销或变更其决定。
- 行政诉讼：如果行政复议未能解决问题，您可以向人民法院提起行政诉讼，要求法院判决不动产登记部门返还公证书或确认其行为违法。
- 民事诉讼：如果公证书的收走导致您的合法权益受损（如无法按时完成不动产登记、遭受经济损失等），您可以向法院提起民事诉讼，要求相关责任方承担赔偿责任。
申请补办公证书或出具副本
如果公证书确实无法取回，您可以向原公证机构申请补办公证书或出具公证书副本。根据《公证法》第三十二条，公证书副本的效力等同于原件，可以作为办理不动产登记的依据。申请时，您需要提供相关证明材料，并按照公证机构的要求办理手续。
温馨提示：
- 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据（如公证书原件、收走凭证、沟通记录等），以便在需要时维护自己的权益。
- 如果您对具体操作流程或法律适用存在疑问，可以随时向我咨询，我会为您提供详细的解答和指导。