若抵押的车子与非法经营行为无直接关联，车子通常不会被没收，但可能因案件调查需要被暂时扣押，最终会根据案件处理结果和抵押情况来决定如何处理；若车子被认定为非法经营的工具或赃物，则可能被依法没收。具体分析如下：

1. 车子与非法经营行为无直接关联的情况

   • 暂时扣押：在非法经营案件的调查过程中，如果车子被用作调查的线索或证据，例如用于运输非法经营物品的交通工具，但本身并不属于非法经营的直接工具或赃物，那么车子可能会被执法机关暂时扣押，以便进行进一步的调查。
   • 返还或处理：一旦调查结束，且确认车子与非法经营行为无直接关联，执法机关应当及时返还车子给其合法所有者。如果车子存在抵押情况，且抵押权合法有效，那么车子的处理还需考虑抵押权的实现问题。在车子返还后，抵押权人可以依法行使抵押权，通过拍卖、变卖等方式优先受偿。

2. 车子被认定为非法经营的工具或赃物的情况

   • 依法没收：如果车子被明确认定为非法经营的工具或赃物，那么根据相关法律法规，执法机关有权依法没收车子。没收后，车子将归国家所有，不再属于原所有者或抵押权人。
   • 抵押权的影响：在车子被没收的情况下，抵押权将受到影响。由于车子已不再属于原所有者，抵押权人无法再通过行使抵押权来实现其债权。不过，如果抵押权人能够证明其抵押权合法有效，且因车子被没收而遭受了损失，那么抵押权人可能有权向相关责任方（如非法经营者）追偿。

建议：

• 如果您的车子因非法经营被查，且您认为车子与非法经营行为无直接关联，建议您及时与执法机关沟通，提供相关证据证明车子的合法性，以便尽快取回车子。
• 如果车子被认定为非法经营的工具或赃物，且您面临抵押权无法实现的风险，建议您咨询专业律师，了解您的权益和可能的救济途径，如向非法经营者追偿等。