专业分包工程工人工资并非必须由总包代发，但代发工资是当前建筑行业中较为推荐的做法。以下从法律法规、合同约定及实际操作三个角度进行详细分析：
一、法律法规层面
政策倡导与保障方向：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法规，其核心目的是确保农民工工资能够及时、足额发放。法规中明确规定，在工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度，这体现了政策层面对代发工资制度的鼓励和支持。
非绝对强制：
- 法律并未绝对禁止专业分包单位自行发放工资。只要分包单位能够建立完善的工资支付管理体系，保证按时、足额支付工资，并满足相关监管要求，即可自行发放。
二、合同约定层面
- 如果建设工程相关合同（如总承包合同、专业分包合同）中明确约定了由总承包单位代发专业分包工资，那么该约定具有法律约束力，分包单位需按照合同约定执行。合同约定的代发工资安排通常是基于资金管理、风险防控等多方面的考虑。
三、实际操作与建议
代发工资流程：
- 分包单位先与总包单位进行工程进度款的结算。
- 总包单位根据分包单位提供的工资表将工资款项拨付至银行专用账户。
- 银行根据工资表直接将工资发放给农民工个人银行账户。
代发工资的优势：
- 减少风险：代发工资可以减少中间环节，降低工资被挪用的风险，确保工资直接发放到农民工手中。
- 保障权益：有助于保障农民工的合法权益，增强其对工程项目的信任度，减少因工资拖欠引发的纠纷。
不采用代发的责任：
- 如不采用代发方式，分包单位需确保按时足额支付农民工工资，并承担相应法律责任。若因分包单位原因导致工资拖欠，总包单位可能需先行清偿，并有权依法进行追偿。
- 总包单位应对分包单位的用工和工资支付情况进行监督和管理，以确保项目顺利进行。
建议：
- 鉴于代发工资制度在保障农民工权益和减少纠纷方面的优势，建议各方主体在实际操作中积极考虑并采取这一制度。若合同中有明确约定，则应严格按照合同约定执行。
总结与提醒：专业分包工程工人工资是否由总包代发，需综合考虑法律法规、合同约定及实际操作情况。若您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律指导。