结论：货车改装后运输发生事故，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于改装是否合法合规、是否履行了告知义务以及保险条款的具体约定。以下是详细分析：

1. 改装合法性对理赔的影响
   根据《道路交通安全法》第十六条，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。若改装未经过车管所备案或违反安全标准（如加高栏板、改变货箱尺寸等），则属于非法改装。此时发生事故，保险公司可能以“车辆危险程度显著增加”或“违反法律强制性规定”为由拒赔。
   例外情形：若改装经合法程序审批（如特殊运输需求审批），且未增加事故风险，保险公司通常需承担赔偿责任。

2. 告知义务的履行情况
   根据《保险法》第五十二条，被保险人需在改装后及时通知保险公司。若未履行告知义务，且改装导致事故风险显著增加（如超载、重心改变等），保险公司有权拒赔；若已履行告知义务，保险公司可能重新核定保费或调整保障范围，但仍需承担理赔责任。
   关键点：需保留书面通知证据（如邮件、短信），避免口头告知无凭证。

3. 保险条款的具体约定
   需仔细审查保险合同中的“责任免除”条款。部分商业险条款明确将“非法改装”或“未通知的改装”列为免责事由。若条款中有此类约定，保险公司可拒赔；若无明确约定，则需结合前两点综合判断。
   建议：投保时要求保险公司对模糊条款进行书面解释，避免理赔时产生争议。

4. 改装与事故的因果关系
   即使改装合法且已告知保险公司，若事故与改装无直接关联（如纯追尾事故），保险公司仍需赔偿；若事故由改装导致（如货箱加固不足导致货物倾覆），则可能部分免责或按比例赔付。

行动建议：

1. 立即检查改装是否合法，若非法需尽快恢复原状或补办手续；
   
2. 整理改装通知保险公司的证据（如时间、方式、内容）；
   
3. 联系保险公司要求出具书面拒赔通知，分析拒赔理由是否合法；
   
4. 若协商无果，可向当地银保监会投诉或直接起诉，主张保险公司履行赔付义务。
   

如有进一步细节（如改装类型、事故原因、保险种类等），可随时补充说明，我会为您定制更精准的解决方案。