结论前置：公司辞退员工时，经济补偿的计算标准是按照劳动者的应发工资来计算，而非实发工资或合同上的工资。
一、法律依据与解析
主要法规：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，劳动合同法第四十七条所述的经济补偿月工资应按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条也指出，经济补偿金的计算是基于劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，此处的“平均工资”指的是应发工资。
应发工资与实发工资、合同工资的区别：
- 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。
- 实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。
- 合同工资：是劳动合同中约定的工资，但实际发放时可能因各种原因（如奖金、津贴的调整）与合同工资存在差异。
为何采用应发工资计算：
- 应发工资能更全面、真实地反映劳动者的收入状况，因为它包含了所有货币性收入。
- 实发工资由于扣除了多项费用，不能准确体现劳动者的完整收入情况，因此不适合作为经济补偿金的计算基础。
- 合同工资虽然具有约定性，但可能因实际发放时的调整而与劳动者的实际收入存在差异，因此也不适合作为计算基础。
二、具体计算方法与示例
经济补偿的计算公式：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 计算公式为：经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资（应发工资）。
计算示例：
- 假设员工小张每月基本工资5000元，加上奖金500元和各项补贴300元，那么他的应发工资为5800元。若小张在公司工作了3年，那么他的经济补偿金为：3年 × 5800元/月 = 17400元。
三、特殊情况下的经济补偿计算
高薪劳动者限制：
- 如果劳动者月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
违法辞退的赔偿：
- 用人单位若违法辞退员工，需依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这里的计算标准同样以应发工资为基础来确定经济补偿标准，进而确定赔偿金额。
四、操作建议与结语
- 对于用人单位：应严格遵守《劳动合同法》及相关法规的规定，确保在经济补偿问题上合法合规。同时，建议在劳动合同中明确约定经济补偿的计算方式，以避免潜在的纠纷。
- 对于劳动者：在面临被辞退的情况时，应了解自己的权益和应得的补偿标准。如果劳动合同中没有明确约定，应积极主张按照应发工资来计算经济补偿，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司辞退员工时，经济补偿的计算标准是按照劳动者的应发工资来计算。这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。如果你还有其他关于婚姻家庭或合同纠纷的法律问题，欢迎直接向我咨询。