在竞争性谈判中，最终报价只有两家报价时，并不必然导致废标，但需根据具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、法定废标情形与两家报价的关系

根据《政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》及《政府采购非招标采购方式管理办法》的相关规定，竞争性谈判过程中，若符合专业条件的供应商或者对谈判文件作实质响应的供应商不足三家，通常应当予以废标。然而，这一规定并非绝对，存在以下特殊情况：

1. 市场竞争不充分的项目：对于某些特定项目，如科研项目或需要扶持的科技成果转化项目，由于市场竞争不充分，可能难以找到足够数量的供应商参与谈判。在此类情况下，若项目具有重要的科研价值或科技转化意义，且经本级财政部门批准，即使只有两家供应商报价，竞争性谈判也可以继续进行。

2. 政府购买服务项目：对于政府购买服务项目（含政府和社会资本合作项目），若采购过程中符合要求的社会资本只有两家，竞争性谈判采购活动也可继续进行。这体现了政府对特定服务领域或合作模式的灵活处理。

二、两家报价时的操作流程与注意事项

1. 确认项目性质与市场竞争情况：在只有两家供应商报价的情况下，首先需确认项目性质及市场竞争情况，判断是否属于上述特殊情况之一。

2. 报经相关部门批准：若项目属于特殊情况，需报经本级财政部门或相关主管部门批准后，方可继续进行竞争性谈判。未经批准，不得擅自继续谈判。

3. 确保谈判过程的公正性与透明度：在继续谈判的过程中，应确保所有潜在供应商有平等机会参与竞争，谈判过程应公开、公正、透明，避免出现违法违规行为。

4. 记录谈判过程与结果：谈判小组应以书面形式详细记录谈判过程、供应商报价及谈判结果等信息，以备后续审查与确认。

三、废标程序与后续处理

若经评估认为需要废标，则应遵循以下程序：

1. 发布项目终止公告：通过官方渠道发布项目终止的公告，并明确说明废标的原因。

2. 通知所有供应商：将废标的理由及时通知所有参与谈判的供应商，确保信息透明。

3. 重新开展采购活动：根据实际情况，按照相关法律法规和采购流程重新组织采购活动，确保新的采购过程符合规定要求。

四、建议与总结

在竞争性谈判中，面对只有两家供应商报价的情况，建议采购人或采购代理机构：

• 仔细研究相关法律法规：确保对废标情形及操作流程有清晰的认识和理解。
• 咨询专业法律意见：在不确定如何处理时，及时咨询专业律师或相关主管部门，以确保行为合规并避免法律风险。
• 确保程序公正透明：无论是否继续谈判，都应确保整个过程的公正性和透明度，维护所有潜在供应商的合法权益。

综上所述，竞争性谈判中最终报价只有两家报价时，并不必然导致废标。但需根据项目性质、市场竞争情况及相关法律法规进行综合判断，并在必要时报经相关部门批准后继续谈判或进行废标处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。