在判断计算机软件著作权是否侵权时，这是一个涉及法律、技术和证据收集的复杂过程。以下是我为您详细梳理的侵权判断标准及流程：
一、明确软件著作权的保护范围
首先，需要明确软件著作权人享有的权利范围，这通常包括发表权、署名权、修改权、复制权、发行权、出租权、信息网络传播权、翻译权等。任何未经软件著作权人许可，擅自实施这些权利的行为，都可能构成侵权。
二、判断侵权行为的具体表现
侵权行为多种多样，以下是一些常见的表现：
未经许可的复制与发行：无论是全部还是部分复制软件，以及将复制的软件进行销售或分发，都构成侵权。
非法破解与使用：通过技术手段破解软件的加密措施，绕过授权限制，并在未经授权的情况下使用软件，即使未直接复制代码，也构成侵权。
网络传播与下载：未经许可将软件上传到互联网供他人下载，或通过P2P等方式分享软件资源，以及从非正规渠道下载并使用未经授权的软件，均构成侵权。
反向工程与二次开发：对软件进行反向工程（如反编译）以获取源代码或其他技术信息，除非法律另有规定或得到权利人许可，否则构成侵权。基于反向工程获得的成果进行二次开发并商业化利用，若未获得原软件著作权人的授权，也可能构成侵权。
其他侵权行为：如故意删除或改变软件权利管理电子信息，转让或许可他人行使著作权人的软件著作权时未按规定订立书面合同或未履行相关手续等。
三、实质性相似与接触分析
这是判断软件著作权侵权的核心方法：
接触：需要证明被控侵权人有机会接触到权利人享有著作权的软件。这可以通过被控侵权人曾参与过权利人软件的开发、调试、维护等工作，或通过合法途径获得过该软件，或在市场上有机会购买、使用该软件等方式来认定。
实质性相似：指被控侵权软件与权利人的软件在表达上存在非偶然的相似之处，且这种相似达到了实质性的程度。这可以从代码层面（如代码结构、算法逻辑、变量命名、函数调用等）和功能和界面层面（如软件的功能设计、用户界面布局、操作流程等）进行比对。
四、思想与表达的区分
在判断侵权时，需要区分软件的思想和表达。思想，如软件所实现的功能、处理问题的方法、算法的基本原理等，不受著作权法保护。而表达，如代码编写、界面设计、菜单结构、操作流程等，则受到著作权法保护。如果侵权软件在表达上与权利人的软件存在实质性相似，就可能构成侵权。
五、收集证据与鉴定
在认定侵权行为时，需要收集充分的证据来支持主张。这些证据可以包括软件著作权登记证书、软件开发文档、源代码等原始材料，以及侵权行为的现场照片、视频记录、网络截图等。必要时，还可以委托专业的知识产权鉴定机构对涉嫌侵权的软件进行鉴定，以确定是否存在实质性相似或抄袭行为。
六、法律适用与责任承担
根据《计算机软件保护条例》及相关法律法规的规定，对于侵害计算机软件著作权的行为，应承担相应的法律责任。这包括民事责任（如停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等）、行政责任（如由著作权行政管理部门责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，并可处以罚款等）以及刑事责任（如构成犯罪的，依法追究刑事责任）。
综上所述，判断计算机软件著作权是否侵权是一个复杂而综合的过程，需要综合考虑多个方面的因素和证据。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和司法解释的规定，确保判断的准确性和公正性。如果您在具体案件中遇到相关问题，建议咨询专业的知识产权律师以获取更具体的法律建议。