民办非企业单位违法行为一般由登记管理机关负责查处。以下是对这一问题的详细分析：

一、查处主体

根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》的相关规定，民办非企业单位作为非营利性社会组织，其设立、变更、注销登记以及年度检查等事项，均由登记管理机关（通常是民政部门）负责。因此，当民办非企业单位出现违法行为时，登记管理机关作为其主管机关，自然承担起查处的职责。

二、查处范围

登记管理机关对民办非企业单位的查处范围广泛，包括但不限于：

1. 违反登记管理规定：如未按规定办理登记、变更登记或注销登记等。
2. 违反财务管理规定：如私设小金库、挪用资金、违规使用捐赠款物等。
3. 违反业务活动规定：如超出业务范围开展活动、从事营利性经营活动等。
4. 其他违法行为：如伪造、变造、出租、出借登记证书或印章，拒不接受或不按规定接受监督检查等。

三、查处程序

登记管理机关在查处民办非企业单位违法行为时，通常会遵循以下程序：

1. 立案调查：发现违法行为后，登记管理机关会立案进行调查，收集相关证据。
2. 听取陈述申辩：在作出处罚决定前，会告知民办非企业单位有权进行陈述和申辩，并听取其意见。
3. 作出处罚决定：根据调查结果和陈述申辩情况，登记管理机关会依法作出处罚决定，如警告、罚款、没收违法所得、责令改正、撤销登记等。
4. 执行处罚决定：民办非企业单位应当履行处罚决定，如拒不履行，登记管理机关可以依法申请人民法院强制执行。

四、特殊情况

在某些特殊情况下，民办非企业单位的违法行为可能涉及其他部门的职责范围。例如，如果违法行为同时违反了税务、工商、公安等部门的规定，那么这些部门也可能根据各自的职责对民办非企业单位进行查处。在这种情况下，登记管理机关可能会与其他部门进行协调，共同开展查处工作。

五、法律建议

对于民办非企业单位而言，为了避免违法行为的发生和遭受处罚，建议：

1. 加强内部管理：建立健全内部管理制度，规范业务活动、财务管理和人员管理等方面的工作。
2. 遵守法律法规：严格遵守国家法律法规和登记管理机关的规定，不从事违法违规活动。
3. 积极配合检查：在登记管理机关进行年度检查或其他监督检查时，积极配合并提供相关资料和信息。

如果您在民办非企业单位的管理或运营过程中遇到任何法律问题，或者对相关法律法规有疑问，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律帮助。