自然人股东个人收取其持有股份的公司货款，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若股东同时担任公司职务，且收款行为属于职务行为：

   • 在这种情况下，股东作为公司员工或管理人员，其收款行为可能是基于公司的授权或职务要求。如果收款行为是为了公司的利益，且符合公司内部的财务制度和流程，那么这种收款行为通常是合法的。但需要注意的是，股东应确保该款项最终归入公司账户，并用于公司经营，避免个人侵占公司财产。

2. 若股东未担任公司职务，或收款行为非职务行为：

   • 合法性分析：股东个人收取公司货款，若未经公司明确授权或同意，且该款项未归入公司账户，则可能构成对公司财产的侵占。这种行为不仅违反了公司法的相关规定，还可能触犯刑法中的职务侵占罪或挪用资金罪（如果股东同时具有公司管理人员身份）。
   • 法律后果：一旦被发现，股东可能需要承担民事责任，如返还侵占的财产、赔偿公司损失等；同时，如果行为构成犯罪，还可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。

3. 特殊情况：股东与公司之间的合法借贷或分红：

   • 如果股东与公司之间存在合法的借贷关系，且股东按照约定收取还款，这种行为是合法的。但同样需要确保借贷关系的合法性和合规性，避免利用借贷形式掩盖非法目的。
   • 另外，如果公司决定向股东分配利润（分红），且该分配行为符合公司章程和法律法规的规定，那么股东收取分红也是合法的。但分红应通过公司正式的财务流程进行，确保款项的合法性和透明性。

法律建议：

• 对于股东而言，应严格遵守公司法和相关法律法规的规定，避免个人侵占公司财产或利用职务之便谋取私利。
• 如果股东需要与公司进行资金往来，应确保该往来行为合法、合规，并保留好相关证据和文件，以备不时之需。
• 对于公司而言，应建立健全的财务制度和内部控制机制，加强对股东行为的监督和管理，防止股东利用职务之便损害公司利益。

总结：自然人股东个人收取其持有股份的公司货款是否合法，取决于收款行为的性质、目的以及是否符合公司法和相关法律法规的规定。股东应谨慎处理与公司之间的资金往来，确保行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。