分公司上缴利润的合法流程通常遵循地方或国家层面的国有资本收益收缴管理办法，以下是一个基于一般性原则和参考信息的详细解答：
一、明确上缴范围及对象
分公司作为总公司的一部分，若其性质属于国有独资、国有控股或国有参股企业，则通常需要按照相关规定上缴利润。具体上缴范围及对象应依据当地政府或国资委出台的相关管理办法来确定，例如《延安市市级企业国有资本收益收缴管理办法》或类似文件。这些文件会明确征缴对象，包括市国资委、市级有关部门所属（或监管）的市级国有独资企业和国有控股企业、国有参股企业等。
二、确定上缴比例
上缴比例通常根据企业的行业类型、经营状况以及地方政策来设定。例如，在《延安市市级企业国有资本收益收缴管理办法》中，就区分了不同行业，将市级企业上交利润比例分为三类执行：能源类企业30%；商业类企业（不含能源类）20%；公益类企业（含文化、粮食储备类）免交。这一比例可能会根据市属企业经营情况适时调整，并需经市政府批准后执行。
三、遵循上缴流程
上缴利润的流程一般包括申报、审核和上交三个环节：
申报：分公司需按照当地政府或国资委的要求，定期（如每年）向相关部门申报其应上缴的利润。申报时需提供准确的财务报表和利润计算依据。
审核：相关部门（如市财政局、市国资委或其监管部门）会对分公司申报的利润进行审核，确认其准确性和合规性。审核过程中可能会要求分公司提供额外的资料或进行现场核查。
上交：审核通过后，分公司需按照规定的比例和期限将应上缴的利润上交至指定账户。上交方式可能包括银行转账、支票等。
四、特殊情况处理
若分公司因国家政策进行重大调整，或遭受重大自然灾害等不可抗力因素造成巨大损失，可按照相关规定申请减免上交国有资本收益。此外，为避免企业一次性上交国有资本收益金额过大影响企业生产经营，还可能制定分批缴纳国有资本收益的条款。
五、加强监督检查
分公司上缴利润的情况通常会纳入相关部门的考核范围，作为对分公司领导班子和负责人经营业绩考核和奖惩的依据。因此，分公司应确保上缴利润的准确性和及时性，并积极配合相关部门的监督检查工作。
实际操作建议
详细了解当地政策：分公司应详细了解当地政府或国资委出台的国有资本收益收缴管理办法，确保上缴利润的流程符合规定。
建立内部管理制度：分公司应建立完善的内部管理制度，明确利润计算、申报、审核和上交等环节的职责和流程。
加强与相关部门的沟通：分公司应加强与当地财政局、国资委或其监管部门的沟通联系，及时了解政策变化和要求，确保上缴利润的顺利进行。
保留相关凭证和记录：分公司应妥善保留上缴利润的相关凭证和记录，以备后续审计和核查。
综上所述，分公司上缴利润的合法流程需要遵循当地政府或国资委出台的相关管理办法，明确上缴范围及对象、确定上缴比例、遵循上缴流程、处理特殊情况并加强监督检查。