当公司不服劳动仲裁确认劳动关系的裁决并上诉到法院时，员工需要准备以下材料和证据来应对诉讼：

一、基础诉讼材料

1. 起诉状（应诉状）

   • 内容要求：虽然此时是公司作为原告起诉，但员工作为被告需要准备应诉状，明确回应公司的诉讼请求、事实与理由。应诉状中应包含对仲裁裁决的认可或反驳意见，以及自己的答辩意见。
   • 数量要求：根据法院要求准备足够的副本，通常至少准备两份（一份正本，一份副本），以备法院和公司留存。

2. 身份证明文件

   • 个人：提供身份证原件及复印件，以证明自己的身份。

3. 授权委托材料（如适用）

   • 授权委托书：如果委托律师或他人代为诉讼，需提交经本人签名或盖章的授权委托书，注明委托事项和权限。
   • 代理人身份证明：如律师执业证复印件等，以证明代理人的身份和资格。

二、核心证据材料

1. 劳动关系证明材料

   • 劳动合同：如果与公司签订了劳动合同，这是最直接证明双方劳动关系的书面文件。
   • 工作证、工牌：印有员工信息的证件，可作为劳动关系证明。
   • 考勤记录：反映员工出勤情况的重要证据，如打卡记录、考勤表等。
   • 工资支付凭证：如工资条、银行流水等，证实工资支付事实，进一步证明劳动关系。

2. 仲裁裁决书及相关文件

   • 仲裁裁决书原件及复印件：作为应诉的依据，需提交仲裁裁决书的原件及复印件，以证明纠纷已经过劳动仲裁前置程序。
   • 送达回证：证明仲裁裁决书已送达给双方，员工已收到并知晓裁决内容。

3. 其他相关证据

   • 同事证言：如有必要，可请同事出具书面证言或作为证人出庭作证，证明劳动关系的存在或相关事实。
   • 工作记录、邮件、聊天记录等：这些电子数据或书面记录可以证明员工与公司之间的工作往来和劳动关系。
   • 其他辅助证据：如出入证、停车证、食堂饭票等，也能在一定程度上证明劳动关系。

三、程序性辅助材料

1. 证据目录与清单

   • 按时间顺序或逻辑分类整理证据，标注证据来源及证明目的，以便法院和对方律师快速了解证据情况。

2. 法律依据文件

   • 引用具体法律条款的文本复印件，如《劳动合同法》中关于劳动关系确认、劳动合同签订等相关条款，以支持自己的答辩意见。

四、其他可能需要的材料

1. 管辖证明材料

   • 如果公司选择的起诉法院并非员工所在地或合同履行地法院，员工可能需要提供相关管辖证明材料，以证明案件应由该法院管辖或提出管辖权异议。

2. 反诉材料（如适用）

   • 如果员工认为公司在劳动仲裁或诉讼过程中存在违法行为或侵犯了自己合法权益的情况，可以考虑提出反诉，并准备相应的反诉材料和证据。

在准备这些材料和证据时，员工需要注意以下几点：

• 确保证据的真实性和合法性：所有提交的证据都必须是真实、合法、有效的，不得伪造或篡改证据。
• 注重证据的完整性和关联性：证据之间应相互印证，形成一个完整的证据链，以证明自己的主张。
• 及时提交证据：按照法院的要求和时间节点及时提交证据，避免逾期提交导致证据不被采纳。
• 咨询专业律师：虽然这里我提供了详细的材料和证据清单，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在准备材料和证据时，员工最好咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。不过，既然你已经在向我咨询，那么有任何疑问或需要进一步的帮助，都可以直接告诉我。

希望这些建议能对你有所帮助。在应对劳动诉讼时，保持冷静、理性，并充分准备材料和证据是关键。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。