关于“民法典公司罚款是否合法”的问题，这是一个涉及劳动法与公司管理权限的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、民法典与公司罚款的直接关联

首先，需要明确的是，《中华人民共和国民法典》并未直接规定公司不能对员工进行罚款。民法典主要调整的是平等民事主体之间的人身关系和财产关系，而公司与员工之间的关系更侧重于劳动关系，这一关系主要由《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等劳动法律法规来调整。

二、公司罚款的合法性分析

1. 法律禁止随意罚款：

   • 根据劳动法律法规，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。罚款，若未经法定程序和事由，实际上构成了对员工工资的克扣，因此是违法的。

2. 公司无罚款权：

   • 罚款是行政处罚手段的一种，其行使主体应为行政机关。公司作为企业法人，并不具备实施行政处罚的权力，因此无权对员工进行罚款。

3. 合法扣除工资的情形：

   • 尽管公司不能随意罚款，但在员工因自身原因给公司造成经济损失时，公司可以依法要求员工承担赔偿责任。不过，这种赔偿的扣除有严格限制，即每月扣除的赔偿金额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

三、公司规章制度的合法性要求

公司若希望通过规章制度来管理员工，必须确保这些制度符合法律规定的程序和实质要求。制定或修改涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度内容必须合理合法，不得违反法律法规的强制性规定。

四、违法罚款的后果

如果公司违反规定对员工进行超出法定限额的罚款，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。公司可能因此面临法律责任，包括被责令退还超额罚款、支付赔偿金等。

五、替代措施与建议

对于违反规章制度的员工，公司可以采取合法的替代性措施，如警告、记过、降级、撤职、解除劳动合同等。同时，我建议公司在管理员工时，应严格遵守相关法律法规，通过制定合法、公正、公开的规章制度，并采取合法的替代性措施来管理和约束员工行为。

综上所述，公司在处理员工问题时，不能随意进行罚款。罚款作为行政处罚手段，其主体为行政机关，公司并无罚款的法定权利。公司应依据相关法律法规，通过合法途径管理员工，确保员工权益与公司管理的平衡。