民事调解书超过三年，一般情况下不能直接申请强制执行，但存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：

一、申请强制执行的一般期限

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，申请强制执行的期限为两年。这一期限的计算方式如下：

1. 若法律文书规定了履行期间：则从履行期间的最后一日起计算两年期限。
2. 若法律文书规定分期履行：则从每次履行期间的最后一日起分别计算两年期限。
3. 若法律文书未规定履行期间：则从法律文书生效之日起计算两年期限。

二、超过三年申请强制执行的情况

1. 一般原则：在正常情况下，如果民事调解书规定的履行期限已经届满超过三年，且没有中止、中断等法定事由，那么权利人将失去直接申请强制执行的权利。

2. 特殊情况：

   • 存在中止、中断事由：如果在两年申请执行期限内，因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等）导致期限中止或中断，那么申请执行期限将重新计算或延长。在这种情况下，即使从原履行期限届满之日起算已经超过三年，但从中止、中断事由消除之日起算可能仍在两年期限内，因此权利人仍有可能申请强制执行。
   • 双方达成新的协议：如果双方当事人在原调解书履行期限届满后，又达成了新的履行协议，并且该协议具有法律效力，那么权利人可以根据新协议的规定申请强制执行。但这种情况下的申请执行期限和条件将受新协议内容的约束。

三、法律建议

1. 及时行使权利：权利人应在民事调解书规定的履行期限内或申请执行期限内及时行使权利，避免因超过期限而失去申请强制执行的机会。

2. 保留证据：在申请强制执行前，权利人应保留好相关证据材料，如民事调解书、履行请求证明、对方未履行证明等，以便在申请时能够充分证明自己的权利。

3. 咨询专业律师：如果权利人对申请强制执行的期限、条件或程序存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。我是李笠律师，专注于刑事辩护、行政纠纷、合同纠纷领域，如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询。

四、法律后果

如果权利人未在法定期限内申请强制执行，且不存在中止、中断等法定事由或双方未达成新的协议，那么权利人将失去通过法院强制执行程序实现自己权利的机会。此时，权利人可能需要通过其他途径（如协商、调解、仲裁等）来寻求解决方案。

综上所述，民事调解书超过三年后能否申请强制执行取决于多种因素，包括申请执行期限的计算、是否存在中止中断事由以及双方是否达成新的协议等。因此，权利人在面临此类问题时应及时咨询专业律师并采取相应的法律措施。