核心结论：您收到逾期短信但卡上实际有钱未被扣走，可能存在系统错误、扣款时间差或信息同步延迟等情况。建议您按以下步骤处理：

1. 立即核实账户余额与扣款记录
   首先通过银行APP、网银或柜台查询账户明细，确认：

   • 账户内是否有足够资金覆盖应扣款项；
     
   • 是否存在未显示的扣款记录（如已扣款但未及时更新余额）；
     
   • 扣款失败的具体原因（如银行系统故障、账户状态异常等）。
     若发现资金已被扣走但短信未更新，可保留扣款凭证作为后续争议依据。

2. 联系发卡方或贷款机构确认逾期真实性
   直接致电短信中提到的机构（如银行、网贷平台等），提供身份信息后要求：

   • 核实逾期短信的真实性（防止诈骗）；
     
   • 查询系统记录中您的还款状态（如是否显示“未扣款成功”）；
     
   • 要求对方提供书面说明或扣款失败证明（若存在系统错误）。
     若机构承认错误，可要求其撤销逾期记录并出具书面道歉函。

3. 排查扣款失败的可能原因

   • 银行端问题：如账户冻结、二类账户限额、银行卡过期未更换等；
     
   • 机构端问题：如扣款协议失效、系统维护导致扣款延迟；
     
   • 第三方支付问题：若通过支付宝/微信等渠道还款，需检查支付账户余额或绑定银行卡状态。
     若因自身原因（如账户异常）导致扣款失败，需尽快解决并主动补还款项。

4. 保留证据并防范信用风险

   • 保存所有与机构沟通的录音、聊天记录、短信截图；
     
   • 若机构错误上报逾期至征信系统，可依据《征信业管理条例》向当地人民银行征信中心提出异议申请，要求更正记录；
     
   • 定期查询个人征信报告（可通过央行征信中心官网免费获取），确认逾期记录是否被删除。
     

特殊情况处理：

• 若机构拒绝撤销逾期记录或存在恶意催收行为，可向当地银保监会（银行类）或地方金融监管局（网贷类）投诉；
  
• 若因扣款失败导致额外费用（如滞纳金、罚息），可要求机构减免（非自身过错情况下）；
  
• 若涉及大额资金或复杂纠纷，建议整理所有证据后进一步向我咨询具体维权方案。
  

请优先按上述步骤操作，若仍有疑问或需要进一步协助，可直接向我描述具体情况（如涉及机构名称、金额、扣款方式等），我会为您分析法律风险并提供解决方案。