结论：关于三人公司中一人违规，罚款是否入公司账户，需分情况讨论，具体如下：

1. 罚款性质与来源

   • 若罚款是公司内部规章制度规定的，针对员工违规行为的处罚，且该制度符合《劳动合同法》等相关法律法规（如经过民主程序制定、公示等），那么罚款通常属于公司对员工的纪律处分措施，罚款金额一般会作为公司收入的一部分，但需注意，根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这里的“赔偿”与“罚款”性质不同，若公司规章制度明确为“罚款”且未合理设定，可能面临法律风险。
   • 若罚款是外部行政机关（如工商、税务等）对公司违规行为的处罚，那么罚款必须按照行政机关的要求，缴纳至指定的政府账户，不得入公司账户，否则可能构成违法。

2. 公司决策与程序

   • 在三人公司中，即使只有一人违规，若公司决定对其罚款，也应遵循公司章程或内部管理制度规定的程序。如果公司章程或制度中明确规定了罚款的决策机制（如需全体股东或董事同意），则应按此执行。
   • 若公司未制定相关规章制度，或规章制度中未规定罚款事项，那么公司单方面对员工罚款可能缺乏法律依据，员工有权拒绝缴纳，并可能向劳动监察部门投诉。

3. 法律合规性

   • 无论罚款是否入公司账户，公司都应确保罚款行为的合法性。对于内部罚款，应确保规章制度合法有效，且罚款金额合理；对于外部罚款，应确保按时足额缴纳至指定账户。
   • 若公司违规罚款或未按规定缴纳外部罚款，可能面临法律责任，包括但不限于被要求退还非法罚款、支付滞纳金、受到行政处罚等。

建议：

• 对于内部罚款，公司应制定合法有效的规章制度，明确罚款的适用范围、条件、程序及金额等，并确保员工知晓并同意。
• 对于外部罚款，公司应积极配合行政机关的调查和处理，按时足额缴纳罚款，避免产生不必要的法律风险。
• 若对罚款事项存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以确保公司行为的合法性和合规性。