核心结论：针对甲方支付20万工程款中6万通过清欠办代发的情况，需分步骤处理以确保资金安全、合同履行及税务合规，具体操作如下：

1. 核实合同约定与资金性质

• 合同审查：首先检查工程承包合同中关于付款方式的条款，确认是否允许部分款项通过第三方（如清欠办）代发。若合同无明确约定，需与甲方协商补充协议，明确6万代发的合法性及双方权利义务。
• 资金用途：若6万为解决历史欠薪或特定纠纷（如农民工工资），需确认清欠办代发是否符合当地政策（如《保障农民工工资支付条例》），并要求甲方提供代发依据（如政府文件、欠薪清单）。

2. 完善代发流程与证据留存

• 书面确认：要求甲方出具书面通知，说明6万由清欠办代发的原因、金额及支付时间，并附清欠办出具的代发委托书或协议。
• 收款凭证：在清欠办支付后，务必取得加盖公章的付款凭证（如转账记录、收据），并核对收款方是否为合同约定的乙方或指定账户，避免资金被截留或挪用。

3. 税务合规处理

• 发票开具：根据《增值税暂行条例》，工程款需按实际收款金额开具发票。若6万通过清欠办支付，需确认该部分是否计入乙方收入，并依法开具发票（可能需分拆合同金额或补充说明）。
• 完税证明：要求清欠办提供代发款项的完税证明，或自行向税务机关申报该部分收入，避免重复纳税或漏税风险。

4. 风险防范与争议解决

• 书面异议：若对代发有异议（如金额不符、程序违法），需在收到通知后3日内书面提出，并留存送达证据（如邮寄回执、邮件截图）。
• 争议条款：在合同中约定“若甲方未按约定付款，乙方有权暂停施工并要求一次性支付剩余款项”，以约束甲方行为。
• 诉讼准备：若发生纠纷，收集合同、付款通知、代发凭证等证据，向工程所在地法院起诉，主张甲方违约责任（如支付违约金、赔偿损失）。

5. 特殊情形处理

• 清欠办无权代发：若清欠办非政府指定机构或无合法授权，可拒绝接受代发，并要求甲方直接支付至乙方账户。
• 甲方拒不配合：若甲方以代发为由拖延付款，可依据《民法典》第577条，向法院申请财产保全，冻结甲方等值资产以确保执行。

建议：立即与甲方沟通，要求提供代发的合法依据及完整流程说明，并同步咨询当地建设主管部门（如住建局）确认清欠办代发的合规性。如有疑问，可直接向我提供合同文本及代发通知，我将进一步分析风险点并制定应对方案。