若想以“配偶与第三者存在不正当关系且第三者在自己公司上班”为由进行起诉，需要分情况讨论，核心结论如下：

1. 若以离婚为前提，想追究对方过错责任并主张损害赔偿
   根据《民法典》第1091条，若因配偶与他人同居导致离婚，无过错方有权请求损害赔偿。但需注意：

   • 证据要求：需证明配偶与第三者存在持续、稳定的不正当关系（如亲密照片、视频、聊天记录、证人证言等），仅第三者在公司上班不足以直接证明“同居”或“重婚”。
     
   • 诉讼对象：损害赔偿只能向配偶主张，不能直接起诉第三者（除非第三者构成重婚罪）。
     
   • 公司角色：若第三者利用职务之便侵害公司利益（如挪用资金、泄露商业秘密），可单独以公司名义起诉第三者，但与婚姻过错赔偿是两个独立法律关系。

2. 若想以“第三者侵害名誉权”为由起诉
   若第三者通过散布谣言、公开不正当关系等方式损害你的名誉，可依据《民法典》第1024条起诉第三者侵犯名誉权，但需满足：

   • 侵权行为：第三者存在侮辱、诽谤等行为（如在公司内部散布谣言）；
     
   • 损害后果：需证明名誉受损（如社会评价降低、精神损害等）；
     
   • 因果关系：损害后果与第三者行为直接相关。
     注意：单纯存在不正当关系不构成名誉侵权，需有公开贬损行为。

3. 若第三者构成“重婚罪”
   根据《刑法》第258条，若配偶与第三者以夫妻名义共同生活（如登记结婚、举办婚礼、公开以夫妻相称等），可向公安机关报案或直接向法院提起刑事自诉。但需注意：

   • 证据标准：需证明“以夫妻名义共同生活”（如邻居证言、共同生活记录、生育子女等），仅同居或暧昧关系不构成重婚罪；
     
   • 诉讼对象：可同时起诉配偶和第三者。

4. 若第三者作为公司员工存在违法行为
   若第三者利用职务之便侵害公司权益（如职务侵占、商业贿赂、违反竞业限制等），可依据《公司法》《劳动合同法》等主张：

   • 民事责任：要求第三者赔偿公司损失；
     
   • 行政责任：向劳动监察部门投诉；
     
   • 刑事责任：若涉嫌犯罪（如职务侵占罪），可向公安机关报案。
     此情形与婚姻关系无关，需单独以公司名义主张权利。

行动建议：

1. 收集证据：根据诉讼目标，针对性收集证据（如婚姻过错需证明不正当关系；名誉侵权需证明公开贬损行为；重婚罪需证明“以夫妻名义共同生活”；公司纠纷需证明职务违法行为）。
   
2. 明确诉求：是主张离婚损害赔偿、名誉侵权赔偿，还是追究刑事责任或公司权益，不同诉求对应不同法律程序。
   
3. 咨询律师：具体操作需结合证据情况和当地司法实践，建议携带材料与我详细沟通，制定诉讼策略。
   

若有进一步问题或需要协助整理证据，可直接向我提问。