结论：一千万的项目投标保证金50万是否合理，不能一概而论，需结合具体项目情况、招标文件要求以及相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、法律法规角度

1. 《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：

   • 投标保证金的数额通常由招标人在招标文件中规定，但应遵循一定的比例限制。根据相关规定，投标保证金一般不得超过招标项目估算价的2%，且最高不得超过八十万元人民币（对于特定类型的项目，如工程建设项目，可能有更具体的规定）。
   • 在本例中，项目估算价为1000万，按照2%的比例计算，投标保证金应为20万。因此，50万的投标保证金在数额上超出了这一比例限制，从法律法规的直接规定来看，似乎是不合理的。但需注意，若存在特殊规定或招标文件中有明确且合理的解释，则可能例外。

2. 特殊规定或例外情况：

   • 某些地区或行业可能有特殊的招标投标规定，允许在特定情况下提高投标保证金的数额。
   • 招标文件可能基于项目复杂性、风险程度等因素，对投标保证金有特别要求，并给出了合理的解释和依据。

二、项目实际情况角度

1. 项目风险与复杂性：

   • 如果项目风险较高、复杂性较大，招标人可能要求更高的投标保证金以降低投标人违约的风险。
   • 在这种情况下，50万的投标保证金可能是招标人基于项目实际情况做出的合理判断。

2. 市场竞争与投标人承受能力：

   • 投标保证金的数额也应考虑市场竞争情况和投标人的承受能力。过高的投标保证金可能限制竞争，导致潜在投标人减少。
   • 招标人应在确保项目风险可控的前提下，合理设定投标保证金数额，以吸引更多有竞争力的投标人参与。

三、建议与操作

1. 审查招标文件：

   • 投标人应仔细审查招标文件，了解投标保证金的具体要求、计算依据和退还条件等。
   • 如果认为投标保证金数额不合理或存在疑问，应及时向招标人提出询问或质疑。

2. 评估自身风险与承受能力：

   • 投标人在决定参与投标前，应评估自身对项目的风险承受能力和资金状况。
   • 如果认为投标保证金数额过高，可能影响自身的资金周转或项目实施，可以考虑放弃投标或寻求其他合作方式。

3. 法律途径：

   • 如果投标人认为招标人的投标保证金要求违反了法律法规或存在不公平、不合理的情况，可以通过法律途径维护自己的权益。
   • 这可能包括向相关监管部门投诉、提起行政复议或行政诉讼等。

总结来说，一千万的项目投标保证金50万是否合理，需结合具体项目情况、招标文件要求以及相关法律法规来综合判断。投标人在参与投标前，应仔细审查招标文件，评估自身风险与承受能力，并在必要时寻求法律帮助。如果你有更具体的项目情况或法律问题，可以直接向我咨询。