软件著作权投资入股时，扣缴义务人的判定主要依据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例等相关规定，一般由接受软件著作权投资入股的公司作为扣缴义务人。具体分析如下：

1. 扣缴义务人的基本判定原则：

   • 根据个人所得税法，当个人以非货币性资产（如软件著作权）投资入股时，获得股权的对价应视为个人转让非货币性资产的所得，需缴纳个人所得税。
   • 在这种情况下，支付所得的单位（即接受投资入股的公司）为扣缴义务人，负责代扣代缴个人所得税。

2. 软件著作权投资入股的特殊性：

   • 软件著作权作为一种无形资产，其投资入股涉及价值评估、权属转移等复杂环节。
   • 尽管软件著作权本身具有特殊性，但在个人所得税的扣缴义务判定上，仍遵循上述基本原则，即由接受投资的公司作为扣缴义务人。

3. 扣缴义务人的责任与义务：

   • 扣缴义务人需按照税法规定，及时、足额地代扣代缴个人所得税。
   • 若扣缴义务人未履行扣缴义务，将可能面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、加收滞纳金等。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在进行软件著作权投资入股时，建议双方（即投资方和接受投资方）明确约定税费的承担方式和扣缴义务，以避免后续纠纷。
   • 接受投资的公司应确保在办理股权登记等手续前，已依法履行了代扣代缴个人所得税的义务。

总结与建议：在软件著作权投资入股的情况下，扣缴义务人通常为接受投资的公司。为确保合规性和避免潜在风险，建议在进行此类交易时，咨询专业律师或税务顾问，以明确各方的权利和义务，并确保税费的正确处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。