农户以祖宗土地证为由自行强占土地几十年的行为，通常是不合法的。以下从几个关键角度进行分析：

1. 土地权属的确认原则
   根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，土地权属需以合法登记为准。即使存在历史上的“祖宗土地证”，若未经过法定程序（如土地改革时期的土地登记、确权发证等）确认为当前权利人所有，其法律效力存疑。实践中，土地权属的确认需结合历史档案、权属证书、实际使用情况等多方面证据综合判断，仅凭“祖宗证”难以直接主张权利。

2. “强占”行为的违法性
   “强占”指未经合法程序或权利人同意，以暴力、威胁或其他非法手段占有土地。根据《民法典》第235条，无权占有不动产的，权利人可请求返还原物；若涉及侵占集体或国家土地，还可能触犯《刑法》第270条的侵占罪（需达到数额较大且拒不交还）或《治安管理处罚法》的相关规定。即使农户认为对土地有历史权利，也应通过合法途径（如行政确权、民事诉讼）主张，而非自行强占。

3. 历史遗留问题的处理
   若土地争议涉及历史遗留问题（如土地改革、合作化时期未明确权属），需根据《土地管理法》第14条，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。对处理结果不服的，可提起行政诉讼。自行强占不仅无法解决争议，反而可能因违反程序规定承担法律责任。

4. 时效问题的澄清
   有人可能认为“占用多年即取得权利”，但根据《民法典》第196条，不动产物权的请求权不适用诉讼时效（即权利人可随时主张返还）。若土地原属集体或国家所有，农户的长期占用不构成合法取得；若属私人所有，原权利人仍有权要求返还，除非存在善意取得等例外情形（需满足“不知情、支付合理对价、已登记”等条件，强占行为显然不符合）。

建议行动方向：

• 若您是被强占方：收集土地权属证明（如现行土地证、历史档案）、强占证据（如照片、证人证言），向当地自然资源部门申请确权或直接提起民事诉讼要求返还。
  
• 若您是强占方：立即停止侵权行为，通过合法途径（如申请确权、协商补偿）解决争议，避免因强占面临行政处罚或刑事责任。
  

土地问题涉及复杂的历史与法律关系，具体操作需结合地方政策与个案证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询细节。