保证期限的计算需根据还款协议的具体内容及原保证合同的约定综合判断，常见情形如下：

1. 若还款协议未变更原保证合同内容
   保证期限仍按原保证合同约定计算。例如原合同约定“保证期间为主债务履行期届满后6个月”，即使后续签订还款协议延长了还款期限，保证期间仍从原主债务履行期届满日起算6个月（除非保证人书面同意延长保证期间）。
   法律依据：根据《民法典》第695条，债权人和债务人未经保证人书面同意，协商变更主债权债务合同内容（如履行期限）的，保证人不再对变更后的债务承担保证责任，但保证期间仍按原约定执行。

2. 若还款协议明确变更保证条款

   • 延长保证期间：需保证人书面同意（如还款协议中增加“保证期间延长至新还款期限届满后X年”的条款），否则对保证人不生效。
     
   • 缩短保证期间：若保证人同意，可按新约定计算（但不得早于原保证期间或主债务履行期届满之日起6个月）。
     示例：原保证期间为“主债务到期后1年”，还款协议约定“保证期间延长至新还款日（2025年1月1日）后2年”，则保证期间从2025年1月1日起算2年。

3. 若还款协议未约定保证期间，但保证人签字确认
   视为对原保证合同的延续，保证期间仍按原合同约定执行；若原合同未约定保证期间，则适用法定保证期间（主债务履行期届满之日起6个月）。
   例外：若还款协议实质性变更主债务（如增加本金、提高利率），且未经保证人书面同意，保证人可能免责（《民法典》第695条）。

关键提醒：

• 保证期间的计算以“书面约定”为准，口头变更无效；
  
• 若还款协议涉及主债务变更，务必要求保证人重新签署书面同意文件；
  
• 保证期间届满后，保证人不再承担保证责任，债权人需在期间内主张权利（如起诉或书面催告）。
  

如有具体协议条款或案件细节，可进一步向我提供，我会结合实际情况为您详细分析。