在职务犯罪案件中，即使犯罪嫌疑人或被告人不退违纪款，相关违法所得仍会被依法追缴。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与依据

根据我国《刑法》第六十四条的规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”这一条款明确规定了，对于犯罪分子的违法所得，不论其是否主动退还，司法机关都有权依法进行追缴。

职务犯罪的特殊性

职务犯罪，通常指的是国家工作人员利用职务上的便利，进行的贪污、受贿、挪用公款等犯罪行为。这些犯罪行为不仅损害了国家的利益，也破坏了社会的公平正义。因此，对于职务犯罪中的违法所得，司法机关会采取更为严格的追缴措施，以确保国家的财产不受损失，维护社会的公平正义。

不退违纪款的影响

1. 不影响追缴的合法性：即使犯罪嫌疑人或被告人不退违纪款，司法机关仍然有权依法追缴其违法所得。这是因为追缴违法所得是司法机关的法定职责，不受犯罪嫌疑人或被告人主观意愿的影响。
2. 可能影响量刑：在职务犯罪案件中，犯罪嫌疑人或被告人的认罪态度、退赃情况等，都是法院在量刑时会考虑的因素。如果犯罪嫌疑人或被告人拒不退赃，可能会被视为认罪态度不好，从而在量刑时受到更重的处罚。
3. 可能面临强制执行：如果犯罪嫌疑人或被告人拒不退赃，且其违法所得被法院判决追缴，那么司法机关有权采取强制执行措施，如查封、扣押、冻结其财产等，以确保违法所得能够被顺利追缴。

实际操作中的注意事项

1. 保留证据：在追缴违法所得的过程中，司法机关需要收集充分的证据来证明违法所得的存在及其与犯罪行为的关联性。因此，犯罪嫌疑人或被告人及其家属应妥善保管相关证据，以便在需要时提供给司法机关。
2. 配合调查：犯罪嫌疑人或被告人应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述自己的犯罪事实和违法所得的情况。这有助于司法机关更快地查明事实真相，依法作出公正的判决。
3. 寻求法律帮助：如果犯罪嫌疑人或被告人对追缴违法所得的程序或法律规定有疑问，可以寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以为他们提供详细的法律咨询和辩护服务，帮助他们更好地维护自己的合法权益。

总结来说，在职务犯罪案件中，即使犯罪嫌疑人或被告人不退违纪款，相关违法所得仍会被依法追缴。这不仅体现了司法机关的法定职责，也维护了国家的财产安全和社会公平正义。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。