结论：在股份质押借款协议中，即使股份金额大于借款金额，也不能直接约定到期不还股份就归债权人所有。这种约定可能因违反法律规定而无效。
分析说明：
流质条款的禁止性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，质权人在债务履行期限届满前，与出质人约定债务人不履行到期债务时质押财产归债权人所有的，该约定无效，即法律上禁止“流质条款”。这一规定旨在保护债务人的利益，防止债权人利用优势地位获取不正当利益。
股份质押借款协议中的特殊情况：
- 在股份质押借款协议中，即使股份的市场价值或评估价值高于借款金额，也不能通过约定直接使股份在债务到期不还时归债权人所有。这种约定同样属于流质条款，违反了法律的禁止性规定。
合法实现质权的方式：
- 如果债务到期未偿还，债权人可以通过合法途径实现质权，如与出质人协商以股份折价抵偿债务，或者通过拍卖、变卖股份等方式优先受偿。但这些方式都需要遵循法律规定的程序和条件，不能直接通过约定实现。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果股份质押借款协议中包含了流质条款，该条款将被视为无效。在债务到期未偿还的情况下，债权人不能直接依据该条款取得股份的所有权。
- 建议：为了避免法律风险和纠纷，建议在签订股份质押借款协议时，明确约定合法实现质权的方式和程序，如协商折价、拍卖、变卖等，并确保这些约定符合法律的规定。同时，在协议履行过程中，双方应遵守诚实信用原则，积极履行各自的义务，以维护交易的稳定和安全。
进一步思考：
- 在签订股份质押借款协议时，除了关注股份金额与借款金额的比例关系外，还应充分考虑股份的市场价值波动、质押登记手续、质权实现方式等关键因素。
- 如果对股份质押借款协议的法律效力或实现质权的方式存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。
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