关于“代开运输发票是否违法”的问题，这确实是一个需要细致分析的问题，因为代开发票的合法性取决于多个因素。

首先，我们要明确的是，代开发票本身并不直接等同于违法，关键在于代开的主体、程序以及发票的真实性。

合法代开的情形

1. 税务机关代开：

   • 如果运输服务的提供者（如小规模纳税人或个体运输户）因自身无法自行开具增值税专用发票，他们可以向当地税务机关申请代开。这种情况下，代开发票是合法的，因为税务机关是按照相关法律法规和程序进行操作的。
   • 法律依据主要包括《中华人民共和国发票管理办法》第十六条，以及国家税务总局关于代开增值税专用发票的相关规定。

2. 有资质的企业或个人代开（特定情况下）：

   • 在某些特定情况下，具有相应资质的企业或个人也可能依法为他人代开发票。但这种情况较为少见，且必须严格遵守相关法律法规和税务规定。

非法代开的情形

1. 虚开运输发票：

   • 如果没有真实的运输服务发生，却为他人或自己开具运输发票，或者开具的发票金额与实际运输服务不符，这就构成了虚开发票。虚开发票是严重的违法行为，会面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
   • 法律依据是《中华人民共和国刑法》第二百零五条，该条款对虚开增值税专用发票的行为有明确的处罚规定。虽然直接针对的是增值税专用发票，但虚开普通发票（如运输发票）同样可能构成犯罪，依据的是该法条的相关精神及司法解释。

2. 非法代开普通运输发票：

   • 除税务机关外，其他单位和个人未经许可代开运输发票也是违法的。这种行为会扰乱税收秩序，损害国家税收利益。
   • 法律依据是《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，该条款规定了非法代开发票的处罚措施，包括没收违法所得、罚款以及可能的刑事责任。

总结与建议

• 合法性判断：代开运输发票的合法性取决于代开的主体、程序以及发票的真实性。税务机关依法代开是合法的；而非法代开，包括虚开和未经许可的普通代开，则是违法的。
• 建议：对于需要开具运输发票的情况，建议运输服务的提供者或接受者依法向税务机关申请代开，或者确保由有资质的企业或个人在合法程序下代开。同时，应严格遵守税收法律法规，确保发票的真实性和合法性，以避免触犯法律。

希望这个解答能够帮助您更好地理解代开运输发票的合法性问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。