发包人可以在以下情形下扣除承包人违约金：

1. 合同明确约定违约金条款且条件成就时
   若双方签订的合同中明确约定了违约金条款（如逾期完工、质量不达标等违约情形及对应违约金比例），当承包人出现合同约定的违约行为时，发包人可直接依据合同扣除违约金。例如，合同约定“逾期竣工每日按合同总价0.1%支付违约金”，若承包人逾期10天，发包人有权扣除合同总价1%的违约金。
   法律依据：根据《民法典》第585条，当事人可约定一方违约时向对方支付一定数额的违约金，或约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

2. 承包人违约行为导致发包人实际损失时
   即使合同未明确约定违约金，但承包人的违约行为（如擅自变更设计、使用劣质材料）直接导致发包人产生实际损失（如返工费用、工期延误赔偿等），发包人可要求承包人赔偿损失。若损失金额明确，发包人可直接从应付工程款中扣除；若损失金额需评估，需通过协商或诉讼确定后扣除。
   法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。

3. 承包人同意扣除或未提出异议时
   若发包人提出扣除违约金，承包人书面同意（如签署确认单）或未在合理期限内提出异议（如未在收到扣款通知后7日内提出书面反对），发包人可直接扣除。此时需保留书面证据（如邮件、签字文件），避免后续纠纷。
   实务建议：发包人应在扣款前向承包人发送书面通知，明确扣款原因、金额及依据，并要求承包人确认。

4. 通过诉讼或仲裁确认违约金后扣除
   若双方对违约金金额或是否存在违约行为存在争议，发包人可通过诉讼或仲裁程序要求确认违约金金额。法院或仲裁机构裁决后，发包人可依据生效文书从应付工程款中扣除或要求承包人另行支付。
   注意：诉讼或仲裁周期较长，建议优先通过协商或第三方调解解决争议。

风险提示：

• 发包人扣除违约金时，需确保违约行为与扣款金额存在直接因果关系，避免过度扣款引发承包人反诉。
  
• 若合同约定的违约金过高（超过实际损失30%），承包人可请求法院或仲裁机构调整；若过低，发包人可主张增加（需证明实际损失高于约定金额）。
  

如有具体合同条款或违约情形需分析，可进一步提供细节，我会结合实务经验为您详细解答。