在保证期间内签订还款协议后，保证期限的计算方式需根据还款协议的具体内容分情况讨论，具体如下：

1. 若还款协议仅变更主债务履行期限，未涉及保证责任相关条款
   根据《民法典》第六百九十五条，债权人与债务人变更主债权债务合同的履行期限，未经保证人书面同意的，保证期间不受影响。此时保证期间仍按原合同约定计算，例如原保证期间为“主债务履行期届满之日起6个月”，则即使还款协议延长了还款时间，保证期间仍从原履行期届满日起算。

2. 若还款协议明确约定保证期间或保证责任条款

   • 延长保证期间：若还款协议中债权人、债务人、保证人三方明确约定延长保证期间（例如从原6个月延长至1年），则按新约定的期间计算。
     
   • 缩短保证期间：若三方约定缩短保证期间（例如缩短至3个月），需注意不得早于主债务履行期限届满之日，否则以主债务履行期届满日为起点计算。
     
   • 保证责任范围变更：若还款协议增加债务人债务金额或改变还款方式，未经保证人书面同意的，保证人对增加部分不承担保证责任，但原保证期间仍按原合同执行。

3. 若还款协议未提及保证人，仅由债权人与债务人签订
   此时需分两种情形：

   • 保证人未书面同意：根据《民法典》第六百九十五条，保证期间不受影响，仍按原合同约定计算。
     
   • 保证人事后追认：若保证人以书面形式明确同意继续承担保证责任，则可能视为形成新的保证合同，需重新约定保证期间；未约定的，保证期间为原合同履行期届满之日起6个月（一般保证）或主债务履行期届满之日起6个月（连带责任保证）。

实务建议：

1. 签订还款协议时，务必要求保证人书面确认同意变更内容，并明确新的保证期间；
   
2. 若保证人拒绝签字，债权人需在原保证期间内及时主张权利（如起诉或申请仲裁），避免保证期间经过导致保证人免责；
   
3. 保留还款协议、原保证合同、沟通记录等证据，以备纠纷时证明各方真实意思表示。

如有具体协议文本或案件细节，可进一步向我提供，我会结合条款内容为您详细分析。