核心结论：无证施工项目竣工两年后，可能面临行政处罚、民事责任承担以及刑事责任风险（视情节严重程度而定），需根据具体情况采取相应措施。以下是具体分析：

1. 行政处罚风险

• 法律依据：根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，未取得施工许可证擅自施工的，由县级以上人民政府建设行政主管部门责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可处以罚款。
• 竣工两年后的处理：行政处罚的时效性通常为两年（自违法行为终了之日起计算），但若违法行为处于持续状态（如项目一直未取得合法手续且持续使用），则可能不受两年时效限制。因此，竣工两年后仍可能被追责，需确认项目是否已完全停止违法行为。
• 建议措施：
  • 立即补办施工许可证（若符合条件），主动向主管部门说明情况，争取从轻处理。
  • 若无法补办，需评估项目是否符合规划、消防等要求，必要时拆除或整改。

2. 民事责任承担

• 合同效力问题：无证施工可能导致建设工程施工合同无效（依据《民法典》第七百九十一条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条）。
• 责任范围：
  • 承包人可能无法主张工程款（若合同无效且工程不合格），但若工程经验收合格，可参照合同约定折价补偿。
  • 发包人可能面临质量瑕疵、工期延误等违约责任（即使合同无效，过错方仍需赔偿损失）。
• 建议措施：
  • 双方协商签订补充协议，明确权利义务，避免纠纷。
  • 委托第三方对工程质量进行鉴定，保留证据。

3. 刑事责任风险（极端情况）

• 可能罪名：若无证施工导致重大安全事故（如坍塌、人员伤亡），可能涉嫌“重大责任事故罪”（《刑法》第一百三十四条）或“工程重大安全事故罪”（《刑法》第一百三十七条）。
• 时效问题：刑事追诉时效根据刑期不同为5年至20年，竣工两年后仍可能被追责。
• 建议措施：
  • 立即排查安全隐患，确保项目符合安全标准。
  • 若发生事故，第一时间报警并配合调查，争取从宽处理。

4. 合规建议

• 补办手续：尽快向当地住建部门申请施工许可证，提交规划、用地、环保等审批文件。
• 法律审查：委托律师对项目全流程进行合规审查，识别潜在风险点。
• 协商解决：与承包方、供应商等协商，通过书面协议固定双方权利义务，避免后续纠纷。

总结：无证施工项目竣工两年后仍可能面临行政、民事甚至刑事责任，建议立即采取补救措施，并咨询专业律师制定针对性方案。如有进一步问题，可直接向我提问。