结论：在巨额财产来源不明罪案件中，差额房产一般不可以直接跟法院协商自行出售上缴房款，但存在特殊情况或程序下可能实现类似目的，具体需结合案件实际情况和法律规定来判断。

分析说明：

1. 巨额财产来源不明罪的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条的规定，国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源，不能说明来源的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。

2. 差额房产的处理方式：

   • 在巨额财产来源不明罪案件中，差额房产作为非法所得的一部分，通常会被依法追缴。追缴的方式一般是由法院根据判决结果，通过执行程序对房产进行查封、拍卖等，以变现上缴国库。
   • 一般情况下，被告人或相关当事人不能直接与法院协商自行出售房产。因为房产的处置需要遵循严格的法律程序和规定，以确保公正、公平和合法。自行出售可能涉及逃避法律制裁、损害国家利益等风险。

3. 特殊情况或程序下的可能性：

   • 尽管一般情况下不能直接协商自行出售，但在某些特殊情况或程序下，可能存在实现类似目的的可能性。例如，如果被告人能够积极配合调查，主动说明财产来源（尽管可能无法完全证明合法性），并表现出悔罪态度，法院在判决时可能会考虑其情节，对房产的处置方式作出一定调整。
   • 另外，如果房产存在共有人或其他合法权益人，且这些权益人能够提出合理的异议或申请，法院在处理房产时也可能需要考虑他们的权益，从而可能影响房产的处置方式。但这种情况并不等同于被告人可以直接与法院协商自行出售房产。

4. 法律建议：

   • 对于涉及巨额财产来源不明罪的案件，被告人或相关当事人应积极配合调查，如实说明财产来源和去向，以争取从轻或减轻处罚。
   • 如果对房产的处置方式有异议或申请，应通过合法途径向法院提出，并遵循法院的指导和决定。
   • 在整个过程中，建议咨询专业律师以获取更具体、更个性化的法律建议和帮助。

后续行动建议：

• 如果你或你认识的人正面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，以便更详细地了解案件情况、法律程序和可能的法律后果。
• 在与律师沟通时，提供尽可能详细的案件信息和相关证据，以便律师能够更准确地评估案件并给出合适的法律建议。
• 遵循律师的指导和建议，积极配合调查和诉讼程序，以维护自己的合法权益并争取最佳的法律结果。