在国际货物运输代理协议中，通常会明确运单由谁出具，但具体由哪一方出具需依据协议的具体条款来确定。以下从不同角度对此问题进行分析：
协议约定优先：
- 国际货物运输代理协议是货代公司与委托方之间就货物运输事宜达成的书面约定。根据合同法的原则，协议中的条款对双方具有法律约束力。因此，如果协议中明确规定了运单由哪一方出具，那么双方应按照协议执行。
货代公司出具运单的情况：
- 在许多情况下，货代公司作为专业的运输服务提供商，会负责出具运单。这是因为货代公司通常具备出具运单的专业能力和经验，能够确保运单的准确性和合规性。如果协议中约定由货代公司出具运单，那么货代公司应承担相应的责任和义务。
委托方出具运单的情况：
- 尽管不常见，但在某些特定情况下，委托方可能会要求自行出具运单。这可能是因为委托方对货物运输有特定的要求或标准，或者委托方希望直接控制运单的出具过程。如果协议中约定由委托方出具运单，那么货代公司应配合委托方完成相关手续，并确保运单的准确性和合规性。
未明确约定时的处理：
- 如果协议中没有明确规定运单由谁出具，那么双方应协商确定。在协商过程中，可以考虑货物的性质、运输方式、双方的专业能力和经验等因素。如果无法达成一致意见，可以根据行业惯例或相关法律法规进行推断和确定。
法律建议：
- 在签订国际货物运输代理协议时，双方应明确约定运单的出具方，以避免后续纠纷。
- 如果协议中未明确约定，双方应及时沟通并协商确定，确保货物运输的顺利进行。
- 在任何情况下，双方都应确保运单的准确性和合规性，以维护各自的合法权益。
可能后果：
- 如果协议中明确规定了运单的出具方，但一方未按照协议执行，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
- 如果因运单问题导致货物运输受阻或产生其他损失，双方应根据协议约定和实际情况承担相应的赔偿责任。
如有任何关于国际货物运输代理协议或运单出具方面的疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。