个别工程建设项目报价公司存在关联关系，并不一定直接违反采购法，但可能引发一系列法律问题和风险，具体取决于关联关系的性质、程度以及采购过程中的透明度和公正性。以下从不同角度进行详细分析：
一、关联关系本身不必然违法
关联关系的定义：关联关系通常指的是公司之间存在控制、共同控制或重大影响的关系，如母子公司、同一控制下的兄弟公司等。这种关系在商业活动中是普遍存在的，并不必然构成违法。
采购法的原则：采购法主要关注的是采购过程的公正性、透明度和竞争性，以确保公共资源的合理分配和使用。关联关系本身并不直接违反这些原则，但如果关联关系影响了采购过程的公正性和透明度，就可能构成违法。
二、可能违反采购法的情形
串通投标：如果存在关联关系的公司之间串通投标，通过协商报价、轮流中标等方式损害其他投标人的利益，这就违反了采购法中关于禁止串通投标的规定。
利益输送：如果关联关系被用于进行利益输送，如通过高价采购关联公司的产品或服务来转移资金，这也可能构成违法。
缺乏透明度：如果采购过程中对关联关系的存在未进行充分披露，或者未采取有效措施确保采购过程的公正性和透明度，这也可能引发法律问题和风险。
三、法律后果与风险防范
法律后果：如果关联关系被用于违反采购法的行为，相关公司和个人可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。例如，串通投标可能面临罚款、没收违法所得、吊销营业执照等行政处罚；情节严重的，还可能构成犯罪，被追究刑事责任。
风险防范：为了避免法律问题和风险，公司在参与工程建设项目报价时，应确保采购过程的公正性和透明度。具体来说，可以采取以下措施：
四、实际操作建议
在实际操作中，如果公司发现自身或竞争对手存在关联关系，且这种关系可能影响采购过程的公正性和透明度，建议采取以下措施：
咨询专业律师：在参与投标前，咨询专业律师以了解相关法律法规和风险防范措施。不过，既然你已经在向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。
加强内部管理：建立健全内部管理制度，确保采购过程的合法性和合规性。这包括加强员工培训、建立内部监督机制等。
积极应对调查：如果采购过程中出现争议或调查，公司应积极配合相关部门的调查工作，提供必要的证据和资料以证明自身的合法性和合规性。
总之，个别工程建设项目报价公司存在关联关系并不一定直接违反采购法，但公司应确保采购过程的公正性和透明度以避免法律问题和风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。