结论：个人能否在软件著作权（软著）已由公司申请的情况下再次申请，需分情况讨论，具体如下：

1. 若软件是个人独立开发完成，且与公司申请的软著无实质性差异
   根据《计算机软件保护条例》第七条，软件著作权自软件开发完成之日起自动产生，开发者即享有著作权。若个人是软件的原始开发者，即使公司已申请软著，个人仍可基于原始权利申请，但需注意：

   • 权利冲突风险：若公司申请时已明确开发者为个人（如劳动合同、开发协议中约定），则公司申请的软著可能存在权利瑕疵，个人可主张权利归属；
     
   • 重复申请限制：若公司申请的软著已涵盖该软件的全部表达（如源代码、文档），个人再次申请可能因“缺乏独创性”被驳回，因著作权保护的是表达而非思想。

2. 若软件是个人与公司共同开发，或个人基于公司职务开发

   • 职务作品情形：根据《计算机软件保护条例》第十三条，职务开发的软件著作权通常归公司所有，但开发者享有署名权。此时个人无权单独申请软著，除非与公司另有约定；
     
   • 合作开发情形：若个人与公司为合作开发者，需依据合作协议约定权利归属。若无约定，双方可共同享有著作权，但需协商一致后共同申请，个人不得单独申请。

3. 若个人申请的软件与公司申请的软件存在实质性差异
   若个人对软件进行了独立修改、优化或新增功能，形成新的版本或衍生作品，且该修改具有独创性，则个人可就新部分申请软著。例如：

   • 公司申请的是软件1.0版本，个人开发了2.0版本并新增了核心功能；
     
   • 个人对软件代码进行了重构，但未改变原有功能逻辑（需注意重构是否达到独创性标准）。

建议行动：

• 核查开发证据：保留开发记录、版本迭代文档、沟通记录等，证明个人对软件的贡献；
  
• 协商或确权：若与公司存在权利争议，可协商补充协议明确权利归属，或通过著作权登记机构异议程序主张权利；
  
• 避免侵权风险：若个人申请的软件实质性使用了公司已登记的部分，需确保获得合法授权，否则可能构成侵权。

如有进一步细节（如开发协议、职务关系等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的分析。