仅通过召开村民代表会决定补交承包费的处理方式可能不合法，需结合具体程序和实体要件综合判断。以下从程序合法性和实体合法性两个角度展开分析：

一、程序合法性：村民代表会决议是否符合法定程序？

根据《村民委员会组织法》第二十四条，涉及村民利益的重大事项（如集体土地承包方案）需经村民会议讨论决定，或由村民会议授权村民代表会议讨论决定。但授权需满足：

1. 授权程序合法：村民会议需明确授权村民代表会议讨论集体土地承包事项，且授权范围、期限等需符合法定要求；
2. 代表会议组成合法：村民代表会议的代表需按法定比例选举产生（如每五户至十五户推选一人），且代表人数需达到法定标准（不得少于二十人，村民总户数不足二百的不得少于十人）；
3. 决议程序合法：决议需经到会代表的过半数通过，且会议记录、表决结果等需完整留存。

若村民代表会未经村民会议授权，或决议程序存在瑕疵（如代表人数不足、表决未达法定比例等），则决议可能因程序违法而被撤销或确认无效。

二、实体合法性：补交承包费是否足以消除违法行为？

即使程序合法，还需审查实体处理是否符合法律规定：

1. 土地性质与用途：若被占用的土地为农用地（如耕地、林地），且未依法办理农用地转用审批手续，则可能涉嫌违反《土地管理法》第四十四条（非法占用农用地罪的刑事风险）或第七十七条（行政处罚风险），仅补交承包费无法消除违法状态；
2. 承包费标准合理性：补交的承包费需符合市场价格或当地政府指导价。若明显低于合理标准，可能损害集体经济组织利益，涉嫌违反《民法典》第三百三十条（集体土地承包经营权流转原则）；
3. 责任主体认定：若村书记以个人名义无偿占用土地，应由其个人承担责任；若以村委会名义占用，则需区分是职务行为还是个人行为，可能涉及村委会或村集体经济组织的民事赔偿责任。

若土地性质为建设用地且已依法审批，或占用行为未改变土地用途，且补交费用符合市场标准，则仅补交承包费的处理方式可能合法。

三、建议行动步骤

1. 核查程序文件：要求村委会出示村民会议授权文件、村民代表会议记录、表决结果等，确认决议程序是否合法；
2. 申请信息公开：向自然资源部门申请公开被占用土地的规划用途、审批文件等，确认是否存在非法占地行为；
3. 集体维权：若认为处理方式违法，可联名向乡镇政府或县级农业农村部门反映，要求撤销决议或重新处理；
4. 法律救济：若涉及重大利益损失，可向法院提起民事诉讼（如确认决议无效、要求赔偿损失）或行政诉讼（如撤销行政处罚决定）。

如需进一步分析具体证据或程序细节，可直接向我提供更多信息，我会结合地方性法规为您详细解答。