1. 结论概述：持有C1E驾驶证骑套牌摩托车被交警查扣，并不一定会被拘留，但会面临罚款、记分、车辆扣留等处罚。具体是否拘留，需根据违法情节的严重程度以及当地交警部门的执法尺度来判断。

2. 法律分析：

   • 准驾车型不符：C1E驾驶证虽然包含了C1（小型汽车）和E（普通二轮摩托车）的准驾车型，但关键在于车辆是否套牌。若车辆套牌，则首先构成使用其他车辆机动车号牌的违法行为。不过，就准驾车型而言，C1E驾驶证是允许驾驶摩托车的，因此这一点不构成额外的违法情节加重因素，但套牌行为本身严重违法。
   • 使用套牌车辆：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条，使用其他车辆的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，处二千元以上五千元以下罚款。这是针对套牌行为的直接处罚。
   • 行政拘留的可能性：虽然准驾车型不符在性质上类似于无证驾驶，但实际执法中，若驾驶人持有有效驾驶证（如C1E），通常不会因准驾车型不符而采取拘留措施。然而，套牌行为本身，如果情节恶劣，如多次套牌、造成严重后果等，有可能构成更严重的违法行为，甚至可能涉及刑事责任，但在一般的交通违章处理中，直接因此拘留的情况相对较少，更多还是依据上述条款进行罚款和车辆扣留。

3. 综合处理建议：

   • 接受处罚：一旦被查扣，应积极配合交警部门的调查，如实陈述事实，并按规定接受处罚，包括缴纳罚款、接受记分等。
   • 处理套牌车辆：如果车辆是套牌的，需要尽快处理相关手续，如购买合法车辆、办理正规牌照等，以避免未来再次发生类似问题。
   • 增强法律意识：未来务必严格遵守交通法规，不驾驶套牌车辆，确保所有上路车辆都具备合法手续和证件。

4. 后续法律风险提示：

   • 如果对处罚决定有异议，可以在规定时间内提出行政复议或行政诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 套牌行为不仅违法，而且严重危害道路交通安全，一旦被发现，将面临严厉的处罚，甚至可能影响个人信用记录。

总结：持有C1E驾驶证骑套牌摩托车被交警查扣，虽然不一定会被拘留，但肯定会面临罚款、记分、车辆扣留等处罚。因此，建议驾驶人严格遵守交通法规，不驾驶套牌车辆，以确保自身和他人的安全。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。