结论前置：工程施工逾期违约金的数额及处理方式，首先依据合同双方的约定；若无明确约定或约定不明确，则根据逾期完工所造成的实际损失及法律规定来确定，并确保违约金兼具补偿性和惩罚性。

详细分析：

1. 有约定的情况：

   • 约定方式：在工程施工合同中，发承包双方可以明确约定逾期完工时应承担的违约金条款，包括违约金的数额或计算方法。例如，合同可能规定逾期一天按合同总金额的千分之一支付违约金。
   • 调整规则：尽管合同有约定，但若约定的违约金过分高于实际造成的损失（通常指超过损失的30%），人民法院或仲裁机构可根据当事人的请求适当减少；反之，若约定的违约金低于实际造成的损失，发包方有权请求法院或仲裁机构提高违约金数额。
   • 支付后义务：支付违约金后，承包人仍需继续履行合同义务，即完成工程施工。

2. 无约定或约定不明确的情况：

   • 损失赔偿原则：当合同中未约定逾期违约金时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方应赔偿因违约给对方造成的全部损失，包括合同履行后可获得的利益，但不得超过违约方订立合同时预见到的可能损失。
   • 举证责任：在主张损失赔偿时，发包方需承担举证责任，证明因施工方逾期完工导致的具体损失，如额外管理费用、错过的销售利润等。
   • 实际损失评估：法院或仲裁机构会具体评估发包人因延期所遭受的额外费用、预期收益损失等，以确定合理的赔偿数额。

3. 司法实践中的考量因素：

   • 违约程度：逾期时间长短直接影响违约金的数额或损失赔偿的多少。
   • 合同履行情况：双方的整体表现也是法院裁量的重要参考，如承包人是否已采取合理措施减少损失等。
   • 公平合理：确保违约金数额或损失赔偿既不过高也不过低，体现法律公正和合同严肃性。

4. 建议与注意事项：

   • 明确约定：为避免后续争议，双方在签订工程施工合同时应明确约定违约金的计算方式、标准以及调整机制。
   • 及时举证：在请求调整违约金或主张损失赔偿时，提供充分证据证明实际损失。
   • 专业咨询：涉及复杂情况或高额违约金时，建议及时咨询专业律师，如我本人，以确保合法权益得到保护。

举例说明： 假设某工程施工合同总金额为1000万元，合同约定逾期完工每天按合同总金额的千分之一支付违约金。若承包人逾期10天完工，则根据合同约定，承包人需支付10万元违约金。但若发包方能证明因逾期完工导致的实际损失远低于10万元（如仅额外支付了2万元的管理费用），则发包方有权请求法院或仲裁机构减少违约金数额。反之，若发包方能证明因逾期完工错过了价值50万元的销售机会，且该损失在合同订立时是可预见的，则发包方有权请求增加违约金数额或主张额外的损失赔偿。

总之，工程施工逾期违约金的处理需综合考虑法律规定、合同约定、实际损失及公平合理原则。双方应在合同签订前充分协商，明确违约金条款，并在发生争议时积极寻求法律解决途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。