九十天后拿到检察院起诉书，通常意味着案件已经经过了公安机关的侦查阶段，并移送至检察院进行审查起诉，且检察院在审查后认为案件符合起诉条件，决定向法院提起公诉。以下是对这一流程的详细解释：
一、案件流程概述
侦查阶段：
- 公安机关在接到报案、控告、举报或自首材料后，会进行初步调查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，会立案侦查。
- 侦查过程中，公安机关会收集证据、询问犯罪嫌疑人、证人，进行勘验、检查、鉴定等，以查明案件事实。
- 侦查期限一般不超过两个月，但对于案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。对于交通十分不便的边远地区的重大复杂案件、重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件、犯罪涉及面广且取证困难的重大复杂案件，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，还可以再延长两个月。对犯罪嫌疑人可能判处十年有期徒刑以上刑罚，依照规定延长期限届满，仍不能侦查终结的，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以再延长二个月。因此，侦查阶段最长可达七个月。
审查起诉阶段：
- 公安机关侦查终结后，会将案件移送至检察院进行审查起诉。
- 检察院在收到案件材料后，会进行审查，包括审查证据是否充分、犯罪事实是否清楚、犯罪嫌疑人是否应当承担刑事责任等。
- 审查起诉期限一般为一个月，对于重大、复杂的案件，可以延长半个月。因此，审查起诉阶段最长可达一个半月。但在此期间，如果检察院认为需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查以二次为限，每次补充侦查期限为一个月。补充侦查完毕后，检察院会重新计算审查起诉期限。
提起公诉：
- 经过审查起诉后，如果检察院认为案件符合起诉条件，即犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究犯罪嫌疑人的刑事责任，会向法院提起公诉。
- 此时，犯罪嫌疑人会收到检察院的起诉书，告知其被指控的罪名、犯罪事实、法律依据及诉讼权利等。
二、九十天后拿到起诉书的原因
- 案件复杂：如果案件涉及多个犯罪嫌疑人、多个犯罪事实或证据收集困难等，侦查和审查起诉阶段可能会延长，导致九十天后才拿到起诉书。
- 补充侦查：在审查起诉阶段，如果检察院认为证据不足或需要进一步调查，可能会退回公安机关补充侦查，这也会延长整个流程的时间。
- 其他程序性事项：如犯罪嫌疑人申请取保候审、律师介入辩护等，也可能对案件流程产生一定影响，但通常不会直接导致九十天后才拿到起诉书。
三、后续行动建议
- 仔细阅读起诉书：收到起诉书后，应仔细阅读其内容，了解被指控的罪名、犯罪事实及法律依据等。
- 准备辩护材料：根据起诉书的内容，准备相应的辩护材料，包括证据、法律意见等，以维护自己的合法权益。
- 咨询专业律师：虽然我作为陈亮律师已经给出了一些建议，但每个案件都有其独特性。因此，在收到起诉书后，建议直接向我咨询，以便更具体地了解案件情况、制定辩护策略。
总之，九十天后拿到检察院起诉书是刑事案件流程中的一个正常现象。重要的是要保持冷静、仔细阅读起诉书内容，并积极准备辩护材料以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。