核心结论：乙方办理土地使用性质变更花费的费用与甲方签订续签协议时，需根据费用承担约定、变更目的及双方协商情况，通过明确条款、合理定价、设置支付条件等方式，在续签协议中清晰约定费用承担及支付方式。以下从不同角度详细说明：

1. 明确费用承担主体

• 若原合同有约定：首先查看原合同中关于土地使用性质变更费用承担的条款。若原合同已明确约定由乙方承担，续签协议中可继续沿用该约定，但需明确乙方已实际支出该费用，且该费用为合理必要支出。例如，可在续签协议中写明：“乙方已根据原合同第X条约定，完成土地使用性质变更手续，并实际支付费用人民币XX元，该费用为合理必要支出，甲方对此予以确认。”
• 若原合同无约定或约定不明：双方应协商确定费用承担主体。若变更土地使用性质是为了双方共同利益（如项目开发需要），可协商由双方按比例分担；若仅为乙方单方利益（如乙方自行改变用途），则应由乙方承担。协商一致后，在续签协议中明确约定，例如：“因项目开发需要，双方协商一致，土地使用性质变更费用由甲方承担XX%，乙方承担XX%。”

2. 合理确定费用金额及支付方式

• 费用金额：乙方应提供土地使用性质变更的合法费用凭证（如发票、合同等），作为续签协议中费用金额的依据。若费用涉及多项支出，应列明具体项目及金额，避免模糊表述。
• 支付方式：根据双方协商结果，明确费用支付方式（如一次性支付、分期支付等）及支付时间节点。例如，可约定：“甲方应于续签协议生效后XX日内，向乙方支付土地使用性质变更费用人民币XX元；剩余费用人民币XX元，于项目开发至XX阶段时支付。”

3. 设置费用支付条件及违约责任

• 支付条件：为保障双方权益，可设置费用支付条件。例如，若变更土地使用性质需经政府相关部门批准，可约定：“甲方支付费用以乙方取得土地使用性质变更批准文件为前提条件。”
• 违约责任：明确若一方未按约定支付费用或提供必要协助的违约责任。例如，可约定：“若甲方未按约定支付费用，每逾期一日，应按未支付金额的XX%向乙方支付违约金；逾期超过XX日的，乙方有权解除续签协议，并要求甲方赔偿损失。”

4. 其他注意事项

• 协议生效条件：明确续签协议的生效条件，如双方签字盖章、政府批准等。
• 争议解决方式：约定若发生争议，双方应协商解决；协商不成的，可提交仲裁或诉讼解决。
• 协议变更与解除：明确协议变更或解除的条件及程序，避免未来产生纠纷。

示例条款： “鉴于乙方已根据原合同约定，完成土地使用性质变更手续，并实际支付费用人民币XX元（详见附件费用清单），双方协商一致，就费用承担及支付方式达成如下约定：

1. 甲方同意承担土地使用性质变更费用的XX%，即人民币XX元；乙方承担剩余费用，即人民币XX元。
2. 甲方应于本协议生效后XX日内，向乙方支付首期费用人民币XX元；剩余费用人民币XX元，于项目开发至XX阶段时支付。
3. 若甲方未按约定支付费用，每逾期一日，应按未支付金额的XX%向乙方支付违约金；逾期超过XX日的，乙方有权解除本协议，并要求甲方赔偿损失。
4. 本协议自双方签字盖章之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份。”

如有其他疑问或需要进一步细化条款，欢迎随时向我咨询。